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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 微生物 » 綜合其他 » 請各位來看棵樹
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請各位來看棵樹
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近日學習用mega4.0建系統(tǒng)進化樹，大概會操作了，但仍然有很多疑問。壇子里關于mega的帖子看了遍，迷茫發(fā)問的朋友多，解答的大牛人也有，我的問題和很多求助的蟲友相似，現(xiàn)系統(tǒng)提出，渴望知道的大俠盡早看到此貼，盡早給若干小蟲指點下迷津，不甚感激！ 一，附件中的小樹是用mega4.0，Bootsrap Value設置1000次建成。具體步驟如下： a、打開mega軟件—Alignment 下拉—Alignment exposure/clustal—create a new alignment --然后根據(jù)實際情況(DNA or 蛋白序列)選擇Yes b、Edit—Insert sequence from file（.fastal的格式）； c、Algin by clustal W---Data—Export Alignment—Mega fomat； d、打開上一步保存的文件—Distance—compute pairwise—compute； e、Phylogeny—Bootstrap Test of phylogeny—Neighbor-Joining—將Boostrap（500 replicates；seed=64238修改為1000 replicates）--compute---獲得進化樹—設好格式---image –save as TIF file 問題來了，在壇子里看見各位大俠給出的步驟，要用Clustal X軟件進行序列比對之后才能建樹，請問，mega4.0中是不是嵌合了clustal么，為什么有大俠說還要下載一個clustal軟件呢？上面的建樹步驟C是不是算經(jīng)過了clustal呢？ 二，附件中小樹節(jié)點處數(shù)值的含義，請各位解釋下為什么HX4和AB546196.1（bootstrap值100）與HX6和AJ308316.1（bootstrap值77）兩類群聚一起后又97呢?是否意味著HX4和AB546196.1親緣關系很近，甚至是同一個東西，HX6和AJ308316.1關系較近，這兩類群又聚一起，而且bootstrap值97，大于77，很費解呀很費解。 三，樹下的標尺有什么用？去算枝長嗎？枝長又代表什么，進化距離嗎？如果枝長是進化距離，那bootstrap值又代表什么？ 四，在壇子里逛的時候，看到有大俠說“遺傳標度法和步長值法是用來表示兩種不同的結果時用的 步長值常用在鑒定菌種的進化樹中 而遺傳距離法常用在表示不同菌株間進化關系的進化樹中 ”。什么是遺傳標度法，什么是步長值法？本人建樹目的是想得到菌株間的進化關系 五，看文獻過程中，發(fā)現(xiàn)有部分文獻的進化樹要么只有標尺，要么只有bootstrap值，而且也沒有對數(shù)值，標尺的含義做出解釋，究竟什么樣的樹才算規(guī)范？ 昨晚碼了一個求助貼，滿懷希望發(fā)的時候，系統(tǒng)維護，傷啊傷！今天抖擻一下，再次情緒飽滿的發(fā)一個，敬候各位的佳音哈！ |
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4樓2011-04-18 11:13:05
xp198766
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【答案】應助回帖
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秋電工(金幣+6): 很感謝，解答了我大部分問題，但是方法中有些具體的操作我還是不會，希望能更詳盡 2011-04-18 11:08:26
scelab(金幣+3, EPI+1): good 2011-04-18 11:54:10
秋電工(金幣+6): 很感謝，解答了我大部分問題，但是方法中有些具體的操作我還是不會，希望能更詳盡 2011-04-18 11:08:26
scelab(金幣+3, EPI+1): good 2011-04-18 11:54:10
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1、clustalx 也是為了alignment，如果在MEGA里面alignment了，就不用clustalx了； 2、bootstrap值一般是將你的序列保留一部分，把剩下部分隨機打亂，拼成不同的序列，組成1000個你的alignment文件，做樹，顯示的77表明，1000次做樹的過程有有77%次，也就是770次得到HX6和AJ308316.1聚在一起這個結果； 3、下面的標尺是枝長，也是進化距離，bootstrap值是可信度； 4、這個我水平有限，也比較迷惑，個人覺得你現(xiàn)在做成的樹適合的進化研究； 5、一般是要有bootstrap值的，這個表示可信度，要是值低于50,一般別人是不認同的，有的文章沒有標尺，可能是只想得到樹的分枝情況，沒有想要計算各個物種的距離，只要得到的一個樹的拓撲結果吧，但是bootstrap值一般是要的。 對了，你的alignment，排列好了之后，一般要將首尾序列截成一樣齊…… 只是個人意見，可能有偏差，有錯誤歡迎指出。 |
3樓2011-04-18 10:52:28
xp198766
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5樓2011-04-18 11:26:51
6樓2011-04-23 12:14:21
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