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Jfreda鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
mdp參數(shù)設(shè)置
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; User spoel (236) ; Wed Nov 3 17:12:44 1993 ; Input file ; title = Yo cpp = /lib/cpp define = -DFLEX_SPC constraints = all-bonds integrator = md dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 10000 ; total 20 ps. nstcomm = 1 nstxout = 500 nstvout = 1000 nstfout = 0 nstlog = 500 nstenergy = 500 nstlist = 5 ns_type = grid coulombtype = PME rlist = 1.0 rcoulomb = 1.0 rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 pme_order = 4 optimize_fft = yes ; Berendsen temperature coupling is on in two groups Tcoupl = berendsen tc-grps = Protein_UNK POP SOL_CL tau_t = 0.1 0.1 0.1 ref_t = 0 0 50 ; Energy monitoring energygrps = POPC SOL ; Pressure coupling is not on Pcoupl = berendsen pcoupltype = anisotropic tau_p = 1 compressibility = 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5 0 0 0 ref_p = 1 1 1 1 1 1 ; Generate velocites is on at 323 K. gen_vel = no gen_temp = 300.0 gen_seed = 173529 請(qǐng)問一下在對(duì)體系升溫的時(shí)候要寫Pcoupl 嗎，升溫是不是就是手冊(cè)上的NVT過程啊，謝謝！ |
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御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-04-23 08:17:12
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御劍江湖(金幣-3): 重復(fù)加分了，不好意思。。。 2011-04-23 21:33:10
| pcouple是對(duì)壓強(qiáng)的控制項(xiàng)，跟升溫好像沒有很大的關(guān)系，所說(shuō)的NVT系綜是指控制壓強(qiáng)不變，即關(guān)閉pcouple這個(gè)開關(guān)，只對(duì)溫度進(jìn)行控制， |
3樓2011-04-23 00:47:46
Jfreda
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2樓2011-04-21 14:12:55
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4樓2011-04-23 00:51:02
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