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天使托專家顧問 (職業(yè)作家)
T.Shen
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[交流]
iPad在手，輕松查看蛋白結(jié)構(gòu) 已有1人參與
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隨著科學家逐漸解析出更多蛋白的結(jié)構(gòu)，并將這些結(jié)構(gòu)添加到數(shù)據(jù)庫中，目前的蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)正在快速增長。過去，如果想要查看某個蛋白的結(jié)構(gòu)，研究人員首先需要下載這個蛋白的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)組，然后將文件導入特殊的軟件程序中。這個過程可不簡單呢。 幸好，一些蛋白方面的應(yīng)用程序被開發(fā)出來，讓人們可以更輕松、更方便地隨時隨地查看蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)。 iProtein 盡管乍一看，iProtein的主頁平淡無奇，但是這只是假象，那些搞蛋白的肯定會被其內(nèi)容所吸引。在其主頁上有5塊可點擊的內(nèi)容：序列、結(jié)構(gòu)、家族、位點和結(jié)合配體。在序列和結(jié)構(gòu)選項中，您可以輸入一個關(guān)鍵詞或PDB代碼，頁面上將會列出與之匹配的所有蛋白，以氨基酸或結(jié)構(gòu)形式。在序列模式下，點擊可下載的序列將啟動序列搜索，來尋找相似的序列。在結(jié)構(gòu)模式下，將會出現(xiàn)蛋白名稱、分類、來源、參考文獻和結(jié)構(gòu)等。在家族選項中，您將了解到不同蛋白家族的成員。 結(jié)合配體這個選項可能會對藥物學家有用。您可以在上面構(gòu)建自己的分子，并提交，用于分析潛在的蛋白相互作用。如果您的配體能與蛋白結(jié)合，那么程序?qū)谐鲞@一系列蛋白，以及PDB信息和配體結(jié)合的位點。如需查看配體以及蛋白的結(jié)構(gòu)，iProtein將會鏈接到另一個iPad應(yīng)用程序Molecules，我們下面將會介紹。 iProtein這款程序是由Eidogen-Sertanty, Inc.為iPad開發(fā)的，需要4.99美元，當然，有5天的免費試用，喜歡再買唄。 Molecules 這款程序是由Sunset Lake Software開發(fā)的，主要是用來查看蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)。結(jié)構(gòu)可向不同方向旋轉(zhuǎn)，并隨心所欲移動，通過手指滑動，還可輕松放大。速度快得驚人，某一特定氨基酸的放大和縮小似乎只是一瞬間。它還有一個功能，就是鑒定特定結(jié)構(gòu)中關(guān)鍵的氨基酸殘基，或只關(guān)注蛋白的某一部分。順便提一句，它是免費的。 |
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