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DS中如何提高藥效團(tuán)的null cost
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| 我用DS中的3D qSAR 藥效團(tuán)，就是hypogen對(duì)16個(gè)具有同樣骨架結(jié)構(gòu)的化合物構(gòu)建藥效團(tuán)，基本活性分4個(gè)檔次（最高/最低=400）,每個(gè)檔次大約3-5個(gè)。選擇的HBA，HBD，Hydrophobic aromatic, hydrophobic aliphatic，構(gòu)建藥效團(tuán)，嘗試過Excluded volume 設(shè)置2或5，但是結(jié)果里面每個(gè)藥效團(tuán)的total cost都在70左右，而null cost也差不多，根本達(dá)不到config difference 》60 bits，不過correlation和config都還好，基本0,9和小于17了。我不知道該如何能提高null cost，而且我看別人文獻(xiàn)報(bào)道藥效團(tuán)的total cost也接近100，感覺我的還是比較低的。我的活性不夠4個(gè)數(shù)量級(jí)引起的嗎？求指教！ |
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4樓2014-02-20 21:45:19
★ ★ ★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+6): 謝謝，歡迎提供解決方案！ 2011-05-16 21:38:17
御劍江湖(金幣+6): 謝謝，歡迎提供解決方案！ 2011-05-16 21:38:17
| 經(jīng)過我多次計(jì)算，我發(fā)現(xiàn)還并不單單是活性數(shù)量級(jí)的問題，關(guān)鍵還是結(jié)構(gòu)的多樣性，比較合適的是相類似的結(jié)構(gòu)不要超過3個(gè)，然后整個(gè)訓(xùn)練集里面按類似結(jié)構(gòu)分類至少有5類比較好，這樣比較容易得到好的結(jié)果，而且對(duì)應(yīng)的活性梯度問題也得到了解決。因此為了達(dá)到這個(gè)效果，需要對(duì)訓(xùn)練集進(jìn)行多次調(diào)整計(jì)算。 |
2樓2011-05-16 21:31:57
chemozhang
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3樓2011-09-05 19:19:57
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