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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » 多孔芳香框架（PAF）的模型構建
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shiyiwenren至尊木蟲 (著名寫手)
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[求助]
多孔芳香框架（PAF）的模型構建
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最近看到一篇文獻是做多孔芳香框架（PAF）的CO2吸附模擬的，在文獻中提到了PAF-1模型構建的方法，感覺這種方法可能用處還是很大的，但是自己嘗試的時候在第一步就卡住了，所以向大家求助一下。下面簡單敘述一下PAF-1構建過程，并將自己的問題一并提出。 1. 導入金剛石的晶胞，將晶胞中的C-C鍵取代為聯(lián)苯，取代后的結構用MS中的forcite進行結構優(yōu)化。（問題：怎么樣才能將金剛石中的C取代成苯環(huán)，MS的modification只能將一種元素換成另一種元素，有沒有什么操作是可以實現(xiàn)將元素取代成基團的？） 2. 通過逐步操作將有四面體碳相連的聯(lián)苯環(huán)形成一個大的簇 3.利用MS中的AC模塊構建出一個三維的無定形的PAF-1晶胞 [ Last edited by shiyiwenren on 2011-4-26 at 15:27 ] |
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2樓2011-04-26 22:08:13
shiyiwenren
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3樓2011-04-26 22:40:24
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5樓2011-05-03 21:07:04
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8樓2011-05-04 14:27:10
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9樓2011-05-04 14:31:36
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【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 謝謝 2011-05-04 21:23:05
御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 謝謝 2011-05-04 21:23:05
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我發(fā)郵件問了這篇論文的作者了，他給出的做法如下： 1. First convert the diamond structure into primitive cell using the Build module in Material Studio. 2. Change the lattice parameter to a/1.4 (here a is the lattice constant of PAF-1 structure i.e. a= 23.7195). 3. Replace the C-C with biphenyl in the primitive cell. 4. Finally redefine the lattice parameter under Build module as A = 1 1 -1 B= -1 1 -1 and C = -1 1 1 5. Then optimize the structure using the forcite module in MS. 但是我嘗試了下，在第三步的將C-C代替為聯(lián)苯基團還是無法完成，你可以試試看，如果成功的話還望能夠和大家分享一下 |
10樓2011-05-04 15:37:56
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