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小木蟲論壇-學術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » CPMD/CP2K » 擴散
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擴散
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ChemiAndy
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【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+5, 模擬EPI+1): 這個EPI想不給都不行 2011-07-04 12:55:10
ghcacj(金幣+5, 模擬EPI+1): 這個EPI想不給都不行 2011-07-04 12:55:10
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你可能會問，如果跑不了大體系，只能跑一個環(huán)狀分子，這種單向平動對采樣結(jié)果和性質(zhì)計算有影響么？有！擴散系數(shù)不準確。實驗測定的擴散系數(shù)是10^26數(shù)量級的分子數(shù)目的統(tǒng)計平均結(jié)果。你只跑一個分子，而且貌似時間不夠長，第一個回轉(zhuǎn)調(diào)頭都沒完成，明顯采樣時間不足，你怎么能拿這樣的擴散系數(shù)去跟實驗比呢？相應地，與擴散相關(guān)的粘度，導熱等性質(zhì)全部由于采樣不充分而誤差較大。 當然，這個不準確只限于你的溶質(zhì)，環(huán)狀分子。溶劑水分子的擴散系數(shù)可能是準確的。因為：1是作為溶劑，你的體系的水分子可能很多；2是水分子很小，受到碰撞很容易改變方向，或者說，其擴散運動的周期很短。相比而言，你的溶質(zhì)環(huán)狀分子的擴散周期就很大。 說到這里你可能已經(jīng)明白，要想把溶質(zhì)的擴散系數(shù)模擬準確，可以增加溶質(zhì)數(shù)量，延長模擬時間。分子模擬的本質(zhì)是時間平均等效系綜平均（真實平均）。也就是說你的模擬時間足夠長，就可以用1個或少數(shù)幾個分子再現(xiàn)宏觀實驗測量值（10^26分子數(shù)量級）。問題是，你需要模擬時間多長？長度要是其擴散周期的至少3-10倍。（見我在另外一個帖子“分子模擬要多長”中的回復）你可以通過粘度系數(shù)的實驗值，用Einstein方程估算擴散系數(shù)，進而估算平動運動的最大無關(guān)時間（擴散周期）。然后模擬時間應該是它的3-10倍。對于大分子而言，這個擴散最大無關(guān)時間，可能是幾百個ns數(shù)量級。 |
7樓2011-07-04 01:14:53
ChemiAndy
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2樓2011-07-01 12:12:20
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4樓2011-07-03 12:26:23
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