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mashulin鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
PLAT413_ALERT_2_A Short Inter XH3 .. XHn H18’ .. H19C .. 1.72 Ang.
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求助：PLAT413_ALERT_2_A Short Inter XH3 .. XHn H18’ .. H19C .. 1.72 Ang. 如何解決？ |
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2樓2011-04-29 08:55:41
etongtong
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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3樓2011-04-29 09:08:12
etongtong
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【答案】應(yīng)助回帖
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Sorry,不是bang，而是bump命令。其格式為： bump 0.02 其作用為： If two atoms that are not connected according to the connectivity table approach each other to a distance shorter than the expected shortest non-bonding distance, BUMP generates a restraint that pushes those atoms apart. Those 'anti-bumping′ restraints are generated for the element types C, N, O and S and also for hydrogen atoms that are not bonded to the same atom. This restraint is used almost exclusively for the refinement of macromolecular structures and can help to avoid energetically unfavourable side-chain conformations. It also helps to generate a solvent model with acceptable hydrogen bonding distances that is consistent with the diffraction data. 我記錯了，這個命令不常用，許多人不知道。 |
4樓2011-04-30 19:23:33
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