 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1757 | 回復(fù): 7 | |||
| 【獎(jiǎng)勵(lì)】 本帖被評價(jià)7次，作者xuguanghai增加金幣 5 個(gè) | |||
xuguanghai木蟲 (職業(yè)作家)
|
[資源]
PCR原理
|
||
|
作為一個(gè)PCR新手，看完這篇PCR原理，感覺收獲頗大，所以分享給各位實(shí)驗(yàn)PCR的新手。 PCR引物設(shè)計(jì)原理: PCR引物設(shè)計(jì)的目的是為了找到一對合適的核苷酸片段，使其能有效地?cái)U(kuò)增模板DNA序列。因此，引物的優(yōu)劣直接關(guān)系到PCR的特異性與成功與否。 要設(shè)計(jì)引物首先要找到DNA序列的保守區(qū)。同時(shí)應(yīng)預(yù)測將要擴(kuò)增的片段單鏈?zhǔn)欠裥纬啥壗Y(jié)構(gòu)。如這個(gè)區(qū)域單鏈能形成二級結(jié)構(gòu)，就要避開它。如這一段不能形成二級結(jié)構(gòu)，那就可以在這一區(qū)域設(shè)計(jì)引物。 現(xiàn)在可以在這一保守區(qū)域里設(shè)計(jì)一對引物。一般引物長度為15~30堿基，擴(kuò)增片段長度為100~600堿基對。 讓我們先看看P1引物。一般引物序列中G+C含量一般為40%~60%。而且四種堿基的分布最好隨機(jī)。不要有聚嘌呤或聚嘧啶存在。否則P1引物設(shè)計(jì)的就不合理。應(yīng)重新尋找區(qū)域設(shè)計(jì)引物。 同時(shí)引物之間也不能有互補(bǔ)性，一般一對引物間不應(yīng)多于4個(gè)連續(xù)堿基的互補(bǔ)。 引物確定以后，可以對引物進(jìn)行必要的修飾，例如可以在引物的5′端加酶切位點(diǎn)序列；標(biāo)記生物素、熒光素、地高辛等，這對擴(kuò)增的特異性影響不大。但3′端絕對不能進(jìn)行任何修飾，因?yàn)橐锏难由焓菑?′端開始的。這里還需提醒的是3′端不要終止于密碼子的第3位，因?yàn)槊艽a子第3位易發(fā)生簡并，會(huì)影響擴(kuò)增的特異性與效率。 臨床實(shí)驗(yàn)室 PCR引物的設(shè)計(jì)原則： ① 引物應(yīng)用核酸系列保守區(qū)內(nèi)設(shè)計(jì)并具有特異性。 ② 產(chǎn)物不能形成二級結(jié)構(gòu)。 ③ 引物長度一般在15~30堿基之間。 ④ G+C含量在40%~60%之間。 ⑤ 堿基要隨機(jī)分布。 ⑥ 引物自身不能有連續(xù)4個(gè)堿基的互補(bǔ)。 ⑦ 引物之間不能有連續(xù)4個(gè)堿基的互補(bǔ)。 ⑧ 引物5′端可以修飾。 ⑨ 引物3′端不可修飾。 ⑩ 引物3′端要避開密碼子的第3位。 PCR引物設(shè)計(jì)的目的是找到一對合適的核苷酸片段，使其能有效地?cái)U(kuò)增模板DNA序列。如前述，引物的優(yōu)劣直接關(guān)系到PCR的特異性與成功與否。對引物的設(shè)計(jì)不可能有一種包羅萬象的規(guī)則確保PCR的成功，但遵循某些原則，則有助于引物的設(shè)計(jì)。 1.引物的特異性 引物與非特異擴(kuò)增序列的同源性不要超過70%或有連續(xù)8個(gè)互補(bǔ)堿基同源。 2.避開產(chǎn)物的二級結(jié)構(gòu)區(qū) 某些引物無效的主要原因是引物重復(fù)區(qū)DNA二級結(jié)構(gòu)的影響，選擇擴(kuò)增片段時(shí)最好避開二級結(jié)構(gòu)區(qū)域。用有關(guān)計(jì)算機(jī)軟件可以預(yù)測估計(jì)mRNA的穩(wěn)定二級結(jié)構(gòu)，有助于選擇模板。實(shí)驗(yàn)表明，待擴(kuò)區(qū)域自由能（△G°）小于58.6lkJ/mol時(shí)，擴(kuò)增往往不能成功。若不能避開這一區(qū)域時(shí)，用7-deaza-2′-脫氧GTP取代dGTP對擴(kuò)增的成功是有幫助的。 3.長度 寡核苷酸引物長度為15~30bp，一般為20~27mer。引物的有效長度：Ln=2（G+C）+（A+T+，Ln值不能大于38，因?yàn)?38時(shí)，最適延伸溫度會(huì)超過Taq DNA聚合酶的最適溫度（74℃),不能保證產(chǎn)物的特異性。 4.G+C含量 G+C含量一般為40%~60%。其Tm值是寡核苷酸的解鏈溫度，即在一定鹽濃度條件下，50%寡核苷酸雙鏈解鏈的溫度，有效啟動(dòng)溫度，一般高于Tm值5~10℃。若按公式Tm=4（G+C）+2（A+T）估計(jì)引物的Tm值，則有效引物的Tm為55~80℃，其Tm值最好接近72℃以使復(fù)性條件最佳。 5.堿基礎(chǔ)隨機(jī)分布 引物中四種堿基的分布最好是隨機(jī)的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不應(yīng)超過3個(gè)連續(xù)的G或C，因這樣會(huì)使引物在G+C富集序列區(qū)錯(cuò)誤引發(fā)。 6.引物自身 引物自身不應(yīng)存在互補(bǔ)序列，否則引物自身會(huì)折疊成發(fā)夾狀結(jié)構(gòu)牙引物本身復(fù)性。這種二級結(jié)構(gòu)會(huì)因空間位阻而影響引物與模板的復(fù)性結(jié)合。若用人工判斷，引物自身連續(xù)互補(bǔ)堿基不能大于3bp。 7.引物之間 兩引物之間不應(yīng)不互補(bǔ)性，尤應(yīng)避免3′端的互補(bǔ)重疊以防引物二聚體的形成。一對引物間不應(yīng)多于4個(gè)連續(xù)堿基的同源性或互補(bǔ)性。 臨床實(shí)驗(yàn)室 8.引物的3′端 引物的延伸是從3′端開始的，不能進(jìn)行任何修飾。3′端也不能有形成任何二級結(jié)構(gòu)可能，除在特殊的PCR（AS-PCR）反應(yīng)中，引物3′端不能發(fā)生錯(cuò)配。 在標(biāo)準(zhǔn)PCR反應(yīng)體系中，用2U Taq DNA聚合酶和800μmol/L dNTP（四種dNTP各200μmol/L）以質(zhì)粒（103拷貝）為模板，按95℃，25s；55℃，25s；72℃，1min的循環(huán)參數(shù)擴(kuò)增HIV-1 gag基因區(qū)的條件下，引物3′端錯(cuò)配對擴(kuò)增產(chǎn)物的影響是有一定規(guī)律的。A∶A錯(cuò)配使產(chǎn)量下降至1/20，A∶G和C∶C錯(cuò)七下降至1/100。引物A：模板G與引物G：模板A錯(cuò)配對PCR影響是等同的。 9.引物的5′端 引物的5′端限定著PCR產(chǎn)物的長度，它對擴(kuò)增特異性影響不大。因此，可以被修飾而不影響擴(kuò)增的特異性。引物5′端修飾包括：加酶切位點(diǎn)；標(biāo)記生物素、熒光、地高辛、Eu3+等；引入蛋白質(zhì)結(jié)合DNA序列；引入突變位點(diǎn)、插入與缺失突變序列和引入一啟動(dòng)子序列等。 10.密碼子的簡并 如擴(kuò)增編碼區(qū)域，引物3′端不要終止于密碼子的第3位，因密碼子的第3位易發(fā)生簡并，會(huì)影響擴(kuò)增特異性與效率。 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 Nano&Micro |
» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：實(shí)驗(yàn)器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：和實(shí)驗(yàn)材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有131人回復(fù)
-
蛋白質(zhì)檢測：精準(zhǔn)分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之小鼠實(shí)驗(yàn)：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計(jì)，解析生命機(jī)制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
1949stone
榮譽(yù)版主 (知名作家)
- MolEPI: 4
- 應(yīng)助: 95 (初中生)
- 貴賓: 2.38
- 金幣: 2627.9
- 帖子: 9830
- 在線: 2692.8小時(shí)
- 蟲號: 765987
2樓2011-04-29 19:02:23
西瓜
榮譽(yù)版主 (知名作家)
- MolEPI: 50
- 應(yīng)助: 94 (初中生)
- 貴賓: 3.157
- 金幣: 1849.6
- 帖子: 7553
- 在線: 1449.5小時(shí)
- 蟲號: 271749
4樓2011-04-29 23:38:52
6樓2012-07-07 20:22:56
7樓2017-02-20 11:01:25
8樓2017-02-20 13:56:58
簡單回復(fù)
zlu5203樓
2011-04-29 19:09
回復(fù)
三星好評 
或許或許5樓
2011-08-26 20:16
回復(fù)
五星好評 
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 xuguanghai 的主題更新
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +5 | 陽陽哇塞 2026-03-14 | 10/500 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 求調(diào)劑，一志愿:南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩，總分289分 +3 | @taotao 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)求調(diào)劑 +3 | 臨澤境llllll 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 【考研調(diào)劑】化學(xué)專業(yè) 281分，一志愿四川大學(xué)，誠心求調(diào)劑 +4 | 吃吃吃才有意義 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[教師之家] 焦慮 +9 | 水冰月月野兔 2026-03-13 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理材料305分求調(diào)劑 +5 | 想上岸的鯉魚 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 ，六級已過，有科研經(jīng)歷 +10 | 曦熙兮 2026-03-15 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +10 | 呼呼呼。。。。 2026-03-17 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑，一志愿華南理工大學(xué)071005 +4 | ioodiiij 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +6 | 簡單點(diǎn)0 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[基金申請] 被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專家開始管格式了 +4 | beefly 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +6 | 孔志浩 2026-03-12 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +4 | 諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)覬?/a> 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 070300化學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑 +6 | 太想進(jìn)步了0608 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考博] 東華理工大學(xué)化材專業(yè)26屆碩士博士申請 +6 | zlingli 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 26考研一志愿中國石油大學(xué)(華東)305分求調(diào)劑 +3 | 嘉年新程 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[基金申請] 現(xiàn)在如何回避去年的某一個(gè)專家，不知道名字 +3 | zk200107 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料工程調(diào)劑 +9 | 咪咪空空 2026-03-12 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +3 | miaodesi 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 是Lupa啊 2026-03-12 | 3/150 |
|