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[資源]
一個(gè)用ADF進(jìn)行能量分解計(jì)算的例子
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ADF的能量分解類似于Morokuma的能量分解。后者應(yīng)用范圍很窄，只適用于閉殼層體系的Hartree-Fock計(jì)算，而前者可用于ADF中的各種RDFT和UDFT，甚至還能考慮旋軌耦合。 這個(gè)能量分解算例是以前做練習(xí)用的，今天偶然從箱底翻出來，既然老有人問類似的問題，就貼在下面。計(jì)算需要人工創(chuàng)建分子片，然后組合成HArF分子。本例要分析H-Ar鍵，所以需要?jiǎng)?chuàng)建的分子片是H和ArF。 #! /bin/sh $ADFBIN/dirac -n1 <$ADFRESOURCES/Dirac/H $ADFBIN/dirac -n1 <$ADFRESOURCES/Dirac/Ar $ADFBIN/dirac -n1 <$ADFRESOURCES/Dirac/F mv TAPE12 t12.rel $ADFBIN/adf -n1 < Create H file=$ADFRESOURCES/ZORA/TZ2P/H XC GGA pbe End Relativistic Scalar zora CorePotentials t12.rel & H 1 End End Input eor mv TAPE21 H.t21 $ADFBIN/adf -n1 < Create Ar file=$ADFRESOURCES/ZORA/TZ2P/Ar XC GGA pbe End Relativistic Scalar zora CorePotentials t12.rel & Ar 2 End End Input eor mv TAPE21 Ar.t21 $ADFBIN/adf -n1 < Create F file=$ADFRESOURCES/ZORA/TZ2P/F XC GGA pbe End Relativistic Scalar zora CorePotentials t12.rel & F 3 End End Input eor mv TAPE21 F.t21 $ADFBIN/adf < title ArF atoms Ar 0.000000 0.000000 0.000000 F 0.000000 0.000000 -1.950000 end fragments Ar Ar.t21 F F.t21 end XC gga pbe End relativistic scalar zora corepotentials t12.rel & Ar 2 F 3 end end input eor mv TAPE21 ArF.t21 $ADFBIN/adf << eor >> harf.out Title test atoms H 0.000000 0.000000 1.330000 Ar 0.000000 0.000000 0.000000 f=ArF F 0.000000 0.000000 -1.950000 f=ArF end restricted CHARGE 0 0 relativistic scalar zora corepotentials t12.rel & H 1 Ar 2 F 3 end integration 6.0 XC gga pbe End fragments H H.t21 ArF ArF.t21 end End input eor 計(jì)算完成后，在HArF計(jì)算的輸出部分找到如下結(jié)果： hartree eV kcal/mol kJ/mol -------------------- ----------- ---------- ----------- Pauli Repulsion Kinetic (Delta T^0): 1.782470985375970 48.5035 1118.52 4679.88 Delta V^Pauli Coulomb: -1.136710157595204 -30.9315 -713.30 -2984.43 Delta V^Pauli LDA-XC: -0.183123868092539 -4.9831 -114.91 -480.79 Delta V^Pauli GGA-Exchange: 0.012690279451145 0.3453 7.96 33.32 Delta V^Pauli GGA-Correlation: -0.003832183382116 -0.1043 -2.40 -10.06 -------------------- ----------- ---------- ----------- Total Pauli Repulsion: 0.471495055757255 12.8300 295.87 1237.91 (Total Pauli Repulsion = Delta E^Pauli in BB paper) Steric Interaction Pauli Repulsion (Delta E^Pauli): 0.471495055757255 12.8300 295.87 1237.91 Electrostatic Interaction: -0.117045546884956 -3.1850 -73.45 -307.30 (Electrostatic Interaction = Delta V_elstat in the BB paper) -------------------- ----------- ---------- ----------- Total Steric Interaction: 0.354449508872299 9.6451 222.42 930.61 (Total Steric Interaction = Delta E^0 in the BB paper) Orbital Interactions SIGMA: -0.454298601408872 -12.3621 -285.08 -1192.76 PI: -0.006896798127161 -0.1877 -4.33 -18.11 DELTA: 0.000000000000000 0.0000 0.00 0.00 PHI: 0.000000000000000 0.0000 0.00 0.00 -------------------- ----------- ---------- ----------- Total Orbital Interactions: -0.461195399536032 -12.5498 -289.40 -1210.87 Alternative Decomposition Orb.Int. Kinetic: -1.726978833271678 -46.9935 -1083.70 -4534.18 Coulomb: 1.236130927590834 33.6368 775.68 3245.46 XC: 0.029652506144804 0.8069 18.61 77.85 -------------------- ----------- ---------- ----------- Total Orbital Interactions: -0.461195399536040 -12.5498 -289.40 -1210.87 Residu (E=Steric+OrbInt+Res): -0.000000043854616 0.0000 0.00 0.00 Total Bonding Energy: -0.106745934518349 -2.9047 -66.98 -280.26 Summary of Bonding Energy (energy terms are taken from the energy decomposition above) ====================================================================================== Electrostatic Energy: -0.117045546884956 -3.1850 -73.45 -307.30 Kinetic Energy: 0.055492152104291 1.5100 34.82 145.69 Coulomb (Steric+OrbInt) Energy: 0.099420726141014 2.7054 62.39 261.03 XC Energy: -0.144613265878707 -3.9351 -90.75 -379.68 -------------------- ----------- ---------- ----------- Total Bonding Energy: -0.106745934518357 -2.9047 -66.98 -280.26 H-Ar鍵的分析過程非常簡單，對(duì)照這篇文章看就行了（因?yàn)槭诸^沒有電子版，不清楚具體頁碼，應(yīng)該是在比較靠后的位置），需要的數(shù)據(jù)都在上面列出。由于計(jì)算方法不完全一樣，所以這個(gè)計(jì)算的結(jié)果可能稍微不同于文獻(xiàn)值。 Matthias Lein, Jan Frunzke and Gernot Frenking, Christian Klixbull Jørgensen and the Nature of the Chemical Bond in HArF http://www.springerlink.com/content/e57dnhpudynhw1yv/ [ Last edited by beefly on 2011-5-4 at 09:27 ] |
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2011-05-15 15:37
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lilachi6樓
2013-03-14 19:57
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