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kmw.8668金蟲 (正式寫手)
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[求助]
關(guān)于原子位置的問題
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| 做表面吸附建模型的時(shí)候，被吸附原子的位置怎樣確定呢？也就是被吸附原子具體該放在那些位置呢？我看文獻(xiàn)上說有橋位、頂位、空位，這些具體都指的是哪些位置呢，怎樣把原子放在這些位置呢？知道的蟲友請(qǐng)幫幫忙，金幣酬謝！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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kmw.8668(金幣+10): 5 2011-05-15 09:49:57
franch(金幣+1): 謝謝回帖交流 2011-05-16 20:25:54
kmw.8668(金幣+10): 5 2011-05-15 09:49:57
franch(金幣+1): 謝謝回帖交流 2011-05-16 20:25:54
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頂位（top site)，就是吸附原子在表面層原子的正頭頂上的位置，即吸附原子的x,y坐標(biāo)與它最近的表面層原子的x,y坐標(biāo)一樣，只是z坐標(biāo)不同，相差一個(gè)原子間距d。 橋位(bridge site), 就是吸附原子在兩個(gè)表面原子的連線的中點(diǎn)的上位，假設(shè)兩個(gè)表面原子的坐標(biāo)分別為(x1_s, y1_s, z1_s)和(x2_s, y2_s, z2_s= z1_s)，那么在橋位的吸附原子的坐標(biāo)為( (x1_s + x2_s)/2, (y1_s+y2_s)/2, z1_s +d)。 空位(hollow site)，就是吸附原子在表面原子所構(gòu)成的正三角形、四邊形、或六邊形的中心位置的頭頂位。根據(jù)兩點(diǎn)的中點(diǎn)公式，可以很容易確定空位位置的坐標(biāo)。 |
9樓2011-05-14 22:11:35
cavediger
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ct_201310012樓2011-05-11 15:17:14
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youzhizhe(金幣+1, 1ST強(qiáng)帖+1): 謝謝交流。 2011-05-12 08:47:51
youzhizhe(金幣+1, 1ST強(qiáng)帖+1): 謝謝交流。 2011-05-12 08:47:51
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真是個(gè)懶家伙，不待你這么玩兒的  1.fcc和hcp的區(qū)別，圖里面顯示得已經(jīng)很清楚了，仔細(xì)瞅瞅..... 2.你給的那些實(shí)際上是分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，即以slab邊長(zhǎng)為一個(gè)單位給出的相對(duì)值，確定了要吸附在什么位置，坐標(biāo)也就定了，很多情況下，x,y坐標(biāo)都是某整數(shù)分之一，z坐標(biāo)根據(jù)鍵長(zhǎng)大約計(jì)算一下離開表面層的高度也就可以確定下來了...... |
4樓2011-05-12 05:20:27
cavediger
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8樓2011-05-14 06:07:47
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11樓2011-05-16 08:57:54
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franch(金幣+3): 謝謝回帖交流 2011-05-16 20:27:12
franch(金幣+3): 謝謝回帖交流 2011-05-16 20:27:12
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這里的d只是代表一個(gè)初始值而已。 coverge指的是吸附物的覆蓋度。建議讀讀有關(guān)的表面化學(xué)或表面化學(xué)書，了解一些最基本的東西。 http://www.uksaf.org/tutorials.html http://www.chem.qmul.ac.uk/surfaces/scc/ 比如最小的表面原胞內(nèi)含一個(gè)吸附物，那覆蓋度就是1，如果 2x2的超原胞里含一個(gè)吸附物，那覆蓋度就是1/4。其他情況依次類推。 |
16樓2011-05-16 19:32:12
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謝謝你的圖片指示，我想問fcc的是不是就是所謂的空位？hcp 是什麼位置，這個(gè)我還沒見過。還有就是當(dāng)建模型的時(shí)候，需要輸入吸附的原子坐標(biāo)，這個(gè)該怎麼確定呢？就以下面的這個(gè)文件為例（物質(zhì)AB的001面），如果我想吸附O2，那麼在頂位，空位，橋位O2的坐標(biāo)該怎末確定呢？ A0001 A 0.333330000 0.666670000 0.300680000 A0002 A 0.333330000 0.666670000 0.433560000 A0003 A 0.333332795 0.666667213 0.567652256 A0004 A 0.333332551 0.666667458 0.704005757 B0001 B 0.000000000 0.000000000 0.234240000 B0002 B 0.000000000 0.000000000 0.367120000 B0003 B 0.000000000 0.000000000 0.500000000 B0004 B 0.999999329 0.000000668 0.632506363 B0005 B 0.999999240 0.000000749 0.756236627 |
3樓2011-05-11 19:29:56
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