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kmw.8668

金蟲(chóng) (正式寫手)

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引用回帖:

Originally posted by xiao72379 at 2011-05-16 16:53:46:
我不知道你用什么軟件建模我用的是MS 先是切出一個(gè)表面，加上真空層（大于10埃為宜）然后添加O原子 MS你能拖動(dòng)原子把O拖動(dòng)到橋位就行，然后再加一個(gè)O 這個(gè)O的位置就靈活一些你首先保證鍵長(zhǎng)是實(shí)驗(yàn)值，至于 ...

恩，我還想問(wèn)一點(diǎn)：那你把O移動(dòng)到橋位后，在添加一個(gè)O原子就OK了? 添加的O2距表層原子為多遠(yuǎn)有沒(méi)有一個(gè)定數(shù)�。侩S便設(shè)距離就可以了嗎？
我們說(shuō)的頂位，橋位，是不是都指的是表面第一層原子啊，而且還是表面第一層上的同一種原子啊？先謝謝了�。�！

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11樓2011-05-16 17:22:06

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valenhou001

至尊木蟲(chóng) (職業(yè)作家)

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
franch(金幣+3): 謝謝指點(diǎn) 2011-05-16 20:21:40
kmw.8668(金幣+3): 2011-05-17 20:43:43

引用回帖:

Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-16 17:22:06:
恩，我還想問(wèn)一點(diǎn)：那你把O移動(dòng)到橋位后，在添加一個(gè)O原子就OK了? 添加的O2距表層原子為多遠(yuǎn)有沒(méi)有一個(gè)定數(shù)��？隨便設(shè)距離就可以了嗎？
我們說(shuō)的頂位，橋位，是不是都指的是表面第一層原子啊，而且還是表面第 ...

頂位和橋位，一般指吸附物表面第一層原子上，并不要求一定表面第一層里的同一種原子位置。若表面的第一層原子有不同種原子，那得考慮多種情況，即不同種原子的頂位都得考慮計(jì)算一下，比較能量，找出能量最低的情況。

如果是考慮atomic oxygen，放一個(gè)氧原子就可以了。如果是考慮moelcular oxygen (即O2)，那當(dāng)然得放2個(gè)原子，而且兩個(gè)O的原子的檢查接近一個(gè)O2的鍵長(zhǎng)（這樣做只是構(gòu)造一個(gè)初始結(jié)構(gòu))。

"添加的O2距表層原子為多遠(yuǎn)有沒(méi)有一個(gè)定數(shù)啊"，具體的數(shù)值這個(gè)沒(méi)有定數(shù)，只要不讓吸附物與稱底的原子的距離太短出現(xiàn)交疊就可以，也不要使得距離太大。

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12樓2011-05-16 19:25:39

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kmw.8668

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引用回帖:

Originally posted by valenhou001 at 2011-05-16 19:25:39:
頂位和橋位，一般指吸附物表面第一層原子上，并不要求一定表面第一層里的同一種原子位置。若表面的第一層原子有不同種原子，那得考慮多種情況，即不同種原子的頂位都得考慮計(jì)算一下，比較能量，找出能量最低的 ...

1.謝謝，懶懶的問(wèn)一下，也是為了確保正確。我們通常說(shuō)的O2吸附中O－O鍵長(zhǎng)的實(shí)驗(yàn)值是多少啊，O2是什麼結(jié)構(gòu)的？還后CO中的C－O鍵長(zhǎng)呢？
2.如果表面層有不同的原子A，B，分析吸附的時(shí)候是不是A，B之間的橋位，空位也要考慮？
3.如果吸附的是CO分子，那在橋位，頂位，空位的時(shí)候，CO只能垂直放在表層原子組成的橋位，頂位，空位的上面？水平豈不是不對(duì)了嗎？
4.要是CO分子垂直放在表面的話，是C原子里表面最近，還是氧原子呢？亦或是這兩種情況都要考慮？
5.這里說(shuō)的“比較能量”，是指結(jié)合能嗎？

問(wèn)題比較多，事后追加金幣酬謝！

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13樓2011-05-17 20:35:46

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kmw.8668

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引用回帖:

Originally posted by xiao72379 at 2011-05-16 15:52:28:
這個(gè)我不知道你的體系有木有可以參考的文獻(xiàn) 到底什么構(gòu)型穩(wěn)定。
要是你不知道的話就多試試這里計(jì)算量會(huì)有點(diǎn)大結(jié)構(gòu)優(yōu)化后可能O2是平行表面的，或者垂直表面，又或者都不是都是可能的。什么構(gòu)型是最穩(wěn)定 ...

以CO吸附為例，結(jié)合能具體計(jì)算公式是什麼嗎？我看了篇文獻(xiàn)，說(shuō)的不是特別清楚，還請(qǐng)你多多指教！吸附能呢，仍然以CO吸附為例。謝謝了！

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14樓2011-05-17 20:40:10

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你說(shuō)的這個(gè)角度要嘗試，那豈不是有很多的角度了？有沒(méi)有什麼樣的技巧，經(jīng)驗(yàn)之談呢？

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15樓2011-05-17 20:57:12

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xiao72379

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
ellsaking(金幣+1): 謝謝交流 2011-05-18 10:02:50
ellsaking(金幣+1): 謝謝交流 2011-05-18 10:02:51
kmw.8668(金幣+2): 2011-05-18 11:07:24

引用回帖:

Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-17 20:40:10:
以CO吸附為例，結(jié)合能具體計(jì)算公式是什麼嗎？我看了篇文獻(xiàn)，說(shuō)的不是特別清楚，還請(qǐng)你多多指教！吸附能呢，仍然以CO吸附為例。謝謝了！

Eads=E(CO+sys)-Esys-ECO 要是不止一個(gè)CO就在前面加上CO的個(gè)數(shù)n就行

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天行健君子以自強(qiáng)不息

16樓2011-05-18 09:06:54

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xiao72379

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★ ★
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-05-26 19:25:51

引用回帖:

Originally posted by xiao72379 at 2011-05-18 09:06:54:
Eads=E(CO+sys)-Esys-ECO 要是不止一個(gè)CO就在前面加上CO的個(gè)數(shù)n就行

我不是做催化的這個(gè)說(shuō)法可能不對(duì) 要是一個(gè)CO應(yīng)該是Eads=E(CO+sys)-Esys-ECO
有沒(méi)有多個(gè)CO的我沒(méi)見(jiàn)過(guò)文獻(xiàn) 要是有的話應(yīng)該是Eads=[E(CO+sys)-Esys-nECO]/n吧，表示平均一個(gè)CO的吸附能吧這個(gè)參考你還該多查查文獻(xiàn) 我感覺(jué)除了建模其他的問(wèn)題你是該從文獻(xiàn)中得到答案的我進(jìn)組帶我的師兄就給我100篇文獻(xiàn)，他的說(shuō)法就是做一篇paper看大約100篇當(dāng)然可能多了些他主要是寫review上癮了不過(guò)50篇左右還是應(yīng)該有的要不你前言都沒(méi)法寫

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天行健君子以自強(qiáng)不息

17樓2011-05-18 09:55:06

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Originally posted by xiao72379 at 2011-05-18 09:55:06:
我不是做催化的這個(gè)說(shuō)法可能不對(duì) 要是一個(gè)CO應(yīng)該是Eads=E(CO+sys)-Esys-ECO
有沒(méi)有多個(gè)CO的我沒(méi)見(jiàn)過(guò)文獻(xiàn) 要是有的話應(yīng)該是Eads=[E(CO+sys)-Esys-nECO]/n吧，表示平均一個(gè)CO的吸附能吧這個(gè)參考你還該多 ...

恩，你說(shuō)的很對(duì)，我也是突然轉(zhuǎn)了方向，一時(shí)很茫然，所以才向大家求教的，謝謝你！

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18樓2011-05-18 10:25:08

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我想問(wèn)一下，結(jié)合能怎末計(jì)算呢？為什麼我用同樣的軟件計(jì)算出的塊體的結(jié)合能和文獻(xiàn)上的差別很大呢？咱計(jì)算吸附體系的結(jié)合能具體又是怎樣計(jì)算呢？還請(qǐng)你幫幫忙！

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19樓2011-05-18 15:29:16

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kmw.8668

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A0001 A    0.333330000 0.666670000 0.300680000
A0002 A    0.333330000 0.666670000 0.433560000
A0003 A    0.333332795 0.666667213 0.567652256
A0004 A    0.333332551 0.666667458 0.704005757
B0001 B    0.000000000 0.000000000 0.234240000
B0002 B    0.000000000 0.000000000 0.367120000
B0003 B    0.000000000 0.000000000 0.500000000
B0004 B    0.999999329 0.000000668 0.632506363
B0005 B    0.999999240 0.000000749 0.756236627
這是我導(dǎo)出的POSCAR 文件，如果我想在第一層原子B0005 B（半徑是1.37A）（ 0.999999240 0.000000749 0.756236627）的頂位放一個(gè)原子H（半徑是0.53A），那我建模時(shí)初始放的H原子的坐標(biāo)是不是為0.999999240 ，0.000000749， 0.756236627+B原子半徑+H原子半徑＝2.656236627 ？這樣子做對(duì)不對(duì)啊，H原子的Z坐標(biāo)都2.656236627，我對(duì)此有些疑問(wèn)。。。。。

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20樓2011-05-23 10:56:08

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