【答案】應(yīng)助回帖

臾兮，臾兮，何時(shí)是歸期！

21樓2011-05-23 11:23:25

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xiao72379

木蟲 (正式寫手)

宅男甲

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【答案】應(yīng)助回帖

★
kmw.8668(金幣+3): 謝謝，我也發(fā)現(xiàn)自己錯(cuò)了 2011-05-23 15:05:57
franch(金幣+1): 謝謝回帖交流 2011-05-23 15:35:07

引用回帖:

這個(gè)是不對(duì)的你概念就弄錯(cuò)了半徑也就是距離（單位是埃）和POSCAR中的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)不是一個(gè)概念你在MS里面加一個(gè)H是很簡(jiǎn)單的用測(cè)量工具就能設(shè)置好2原子間的距離，然后把建好模的cif文件導(dǎo)出來就拿到加上的H原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)了之后就可以做POSCAR計(jì)算了

天行健君子以自強(qiáng)不息

22樓2011-05-23 11:28:27

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valenhou001

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★
franch(金幣+1): 謝謝回帖交流 2011-05-23 18:56:10

引用回帖:

Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-16 10:50:25:
1.作表面吸附的時(shí)候，如果吸附的是一個(gè)分子O2，那O－O鍵長(zhǎng)該如何確定呢，就是在建模的時(shí)候，是把O2分子作為一個(gè)整體放上去還是將O原子一個(gè)一個(gè)放上呢？
2.文獻(xiàn)中常常出現(xiàn)coverge 是多少M(fèi)L，怎樣確定覆蓋面是多少 ...

有關(guān)系coverage的，我在這里的回復(fù)已經(jīng)提到了的：
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3178624&authorid=1007127

23樓2011-05-23 18:34:03

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
franch(金幣+3): 謝謝回帖交流 2011-05-23 18:57:29
kmw.8668(金幣+8): 非常感謝 2011-05-24 08:57:27
kmw.8668(金幣+2): 2011-05-24 09:22:26
youzhizhe(1ST強(qiáng)帖+1): 謝謝交流。授予EPI一個(gè)。 2011-05-26 19:25:22

引用回帖:

Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-17 20:35:46:
1.謝謝，懶懶的問一下，也是為了確保正確。我們通常說的O2吸附中O－O鍵長(zhǎng)的實(shí)驗(yàn)值是多少啊，O2是什麼結(jié)構(gòu)的？還后CO中的C－O鍵長(zhǎng)呢？
2.如果表面層有不同的原子A，B，分析吸附的時(shí)候是不是A，B之間的橋位，空 ...

1). O2分子鍵長(zhǎng)實(shí)驗(yàn)值在1.21 angstrom (http://en.wikipedia.org/wiki/Oxygen)這個(gè)用google或文獻(xiàn)里面很容易找到的。CO(1.128 angstrom,見http://en.wikipedia.org/wiki/Carbon_monoxide) 的鍵長(zhǎng)與O2的鍵長(zhǎng)應(yīng)該是不同,

2)" 如果表面層有不同的原子A，B，分析吸附的時(shí)候是不是A，B之間的橋位，空位也要考慮？"

當(dāng)然了，要分別考慮，比如分別考慮將吸附物放在A原子或B原子的頂位。若A的最近鄰只是B的話，那考慮A-B之間的橋位，若A的最近近鄰及有A也有B的話，那么得考慮A-A的橋位，A-B的橋位等�？傊帽M可能考慮所有的構(gòu)型。對(duì)每一個(gè)構(gòu)型進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，并計(jì)算總能，根據(jù)每一個(gè)構(gòu)型的總能高低，找出總能最低的那個(gè)構(gòu)型。

3) “如果吸附的是CO分子，那在橋位，頂位，空位的時(shí)候，CO只能垂直放在表層原子組成的橋位，頂位，空位的上面？水平豈不是不對(duì)了嗎？”

垂直放置，和水平放置都得考慮，構(gòu)造相應(yīng)的初始結(jié)構(gòu)之后，再進(jìn)行優(yōu)化。

4) "要是CO分子垂直放在表面的話，是C原子里表面最近，還是氧原子呢？亦或是這兩種情況都要考慮？"

根據(jù)分子的最高占據(jù)分子軌道(highest occupied molecular orbital, HOMO)和最低未占據(jù)分子軌道(lowest unoccupied molecular orbital, LUMO)的特征，即是哪個(gè)原子的波函數(shù)占大的貢獻(xiàn)，以及根據(jù)襯底費(fèi)米能級(jí)附近態(tài)密度的特征，即是襯底的哪個(gè)原子的貢獻(xiàn)最大.通過這些信息來考慮是C-還是O與稱底原子相結(jié)合。

5) "這里說的“比較能量”，是指結(jié)合能嗎？"
這里指的是總能:E_total(吸附物吸附在襯底后)。當(dāng)然也可以用結(jié)合能了，這是因?yàn)?
結(jié)合能 = E_total(吸附物吸附在襯底后) - E_total(襯底)- E_total(吸附物)

贊一下(2人)

24樓2011-05-23 18:53:19

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kmw.8668

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引用回帖:

Originally posted by valenhou001 at 2011-05-23 18:53:19:
1). O2分子鍵長(zhǎng)實(shí)驗(yàn)值在1.21 angstrom (http://en.wikipedia.org/wiki/Oxygen)這個(gè)用google或文獻(xiàn)里面很容易找到的。CO(1.128 angstrom,見[url]http://en.wikipedia.org/wiki/Carbon_monoxide)[/ur ...

恩，你說的很詳細(xì)！我還想再問幾點(diǎn)：
1.如果吸附的CO分子水平放在表面的話，假如最靠近表面的C原子（假設(shè)是C原子）處在頂位，橋位，或者空位，那O原子豈不是保證不了在頂位，橋位，或者空位了？還是說只需C原子在這些位置就可以了，O原子可以隨便放，只要O與C所成的鍵長(zhǎng)是實(shí)驗(yàn)的鍵長(zhǎng)值就可以了？亦或是說其它的方法？
2.你說的第四個(gè)問題中提到“根據(jù)襯底費(fèi)米能級(jí)附近態(tài)密度的特征，即是襯底的哪個(gè)原子的貢獻(xiàn)最大”，如果知道了襯底的哪個(gè)原子貢獻(xiàn)最大，可這有怎樣去確定吸附的CO分子中是C原子還是O原子最接近表面呢？
3.如果吸附的是多個(gè)CO分子，那它的結(jié)合能是不是為：
結(jié)合能 = ［E_total(襯底 + nCO) - E_total(襯底)- nE_total(CO)］／n
要是這樣的話，結(jié)合能不就和吸附能的公式，以及得出的數(shù)值一樣的嗎？
4.結(jié)合能，形成能，吸附能，這三個(gè)能的公式你能幫我解釋清楚嗎？
謝謝了

臾兮，臾兮，何時(shí)是歸期！

25樓2011-05-24 09:22:09

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valenhou001

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
kmw.8668(金幣+5): 謝謝 2011-05-26 10:11:31
youzhizhe(金幣+2, 1ST強(qiáng)帖+1): 謝謝交流。 2011-05-26 19:24:58
kmw.8668(金幣+8): 多謝你的信件回復(fù)！ 2011-05-31 16:21:00

1. 吸附的時(shí)候有多種，不能一一給你列全。最好按CO的鍵長(zhǎng)的實(shí)驗(yàn)值去構(gòu)造初始結(jié)構(gòu)。
2. 分別單獨(dú)計(jì)算襯底和吸附物的來進(jìn)行分析，并不是指吸附之后的情況。
3. 4：要注意結(jié)合能，形成能，吸附能它們使用的場(chǎng)合，前兩者通常指，有反應(yīng)物參與的情況，或者某物與某物結(jié)合形成另一種狀態(tài)的某物。吸附能特指吸附的情況，吸附物吸附到襯底上所需要的能量。在一定場(chǎng)合下，計(jì)算結(jié)合能的公式與吸附能的公式會(huì)是相同的，如你說那樣。

26樓2011-05-25 21:07:20

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kmw.8668

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引用回帖:

Originally posted by valenhou001 at 2011-05-25 21:07:20:
1. 吸附的時(shí)候有多種，不能一一給你列全。最好按CO的鍵長(zhǎng)的實(shí)驗(yàn)值去構(gòu)造初始結(jié)構(gòu)。
2. 分別單獨(dú)計(jì)算襯底和吸附物的來進(jìn)行分析，并不是指吸附之后的情況。
3. 4：要注意結(jié)合能，形成能，吸附能它們使用的場(chǎng)合， ...

非常謝謝你，解決了我這麼多問題！希望你能繼續(xù)幫我解答。
1.我用vasp計(jì)算了一個(gè)H原子的能量（10x10x10的晶胞里放一個(gè)H原子）得出的值才-0.00027eV，但是當(dāng)我把INCAR文件中添加了ISPIN＝2之后，得出的能量值就-1.12eV了，這是怎末回事？
2.我計(jì)算一個(gè)H2分子的能量（也是放到10x10x10的晶胞中）不加ISPIN＝2這一項(xiàng)，得出的能量值為-4.54eV。我想問如果我想得到一個(gè)H原子的能量，是用-0.00027eV呢，還是用加了自旋以后得出的-1.12eV，亦或是用H2分子的能量-4.54除以2呢？
3.若計(jì)算H原子的能量時(shí)必須要加NSPIN＝2，那計(jì)算H2分子的能量時(shí)需要加這一項(xiàng)嗎？

臾兮，臾兮，何時(shí)是歸期！

27樓2011-05-26 10:27:50

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錯(cuò)了，第四個(gè)問題是加ISPIN這一項(xiàng)。。。。。

臾兮，臾兮，何時(shí)是歸期！

28樓2011-05-26 10:28:53

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引用回帖:

看文獻(xiàn)上經(jīng)常說以解離的形式吸附，我想問一下您，怎樣去判斷解離呢？除了鍵長(zhǎng)發(fā)生變化外，還有沒有其它的方法？

臾兮，臾兮，何時(shí)是歸期！

29樓2011-05-26 10:37:50

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★
youzhizhe(金幣+1): 謝謝交流。 2011-05-26 19:24:28

我計(jì)算一個(gè)H2分子的能量（也是放到10x10x10的晶胞中）不加ISPIN＝2這一項(xiàng)，得出的能量值為-6.699907ev,加spin則為-6.685360ev，H原子加spin為-1.103034ev,不加spin為-0.062981ev。我認(rèn)為加spin的時(shí)候，結(jié)果中包含極化能，所以會(huì)比不加spin時(shí)要要大，但為什么H2的結(jié)果相差不大呢？