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[求助]
為什么要進(jìn)行能量最小化？
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求教各位高手： 在用AutoDock作分子對(duì)接時(shí)，為什么要對(duì)小分子進(jìn)行能量最小化？ 我是在PDB中下載的SDF格式的3D小分子文件，用Chem3D轉(zhuǎn)化成PDB格式的，還需要進(jìn)行能量最小化嗎？ 感激！ |
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yalefield
金蟲(chóng) (文壇精英)
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2樓2011-05-21 09:00:07
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
lily_llf(金幣+1): 很有幫助啊！ 2011-05-21 14:00:06
ghcacj(金幣+4): 謝謝 2011-05-21 17:06:24
lily_llf(金幣+1): 很有幫助啊！ 2011-05-21 14:00:06
ghcacj(金幣+4): 謝謝 2011-05-21 17:06:24
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對(duì)接時(shí)，計(jì)算機(jī)會(huì)自動(dòng)尋找小分子不同的構(gòu)象進(jìn)行對(duì)接，但尋找的方式有隨機(jī)性，在你設(shè)置對(duì)接次數(shù)大時(shí)可能影響不大，但如果設(shè)置的次數(shù)少就可能沒(méi)找到最低能構(gòu)象，如果對(duì)接之前能量最小化了，不管設(shè)置的參數(shù)怎樣，最低能構(gòu)象一定在里面 |
5樓2011-05-21 10:19:54
6樓2011-05-21 14:01:21
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7樓2011-05-21 17:32:51
zh1987hs: 編輯內(nèi)容 2012-04-03 09:46
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發(fā)言屏蔽 [ Last edited by zh1987hs on 2012-4-3 at 09:46 ] |
8樓2012-04-02 19:10:38
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