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mengyan142木蟲 (小有名氣)
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[求助]
mmpbsa 出錯(cuò)
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Sample Text 獲得snapshot_com/rec/lig.crd文件后，輸入文件如下： PREFIX snapshot PATH ./ COMPLEX 1 RECEPTOR 1 LIGAND 1 COMPT ./com.prmtop RECPT ./rec.prmtop LIGPT ./lig.prmtop GC 0 AS 0 DC 0 MM 1 GB 1 PB 1 MS 1 NM 0 @PB PROC 2 REFE 0 INDI 1.0 EXDI 80.0 SCALE 2 LINIT 1000 PRBRAD 1.4 ISTRNG 0.0 RADIOPT 0 NPOPT 1 CAVITY_SURFTEN 0.0072 CAVITY_OFFSET 0.00 SURFTEN 0.0072 SURFOFF 0.00 @MM DIELC 1.0 @GB IGB 2 GBSA 1 SALTCON 0.00 EXTDIEL 80.0 INTDIEL 1.0 SURFTEN 0.0072 SURFOFF 0.00 @MS PROBE 0.0 @PROGRAMS 輸出文件得到snapshot.com.all.out 后就自動(dòng)跳出不再繼續(xù)算了，是哪里出錯(cuò)了，初學(xué)者請(qǐng)高人指點(diǎn)。謝謝啦～～～ |
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petersen
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2樓2011-05-27 16:41:54
mengyan142
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 好吧，輸出文件sander_rec.1.out報(bào)錯(cuò)為：-------------------------------------------------------------------------------- 3. ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES -------------------------------------------------------------------------------- FATAL: NATOM mismatch in coord and topology files  謝謝幫忙 |
3樓2011-05-27 16:59:47
sinokang
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4樓2011-06-05 15:38:47
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