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膜蛋白模擬genbox出錯(cuò)：cannot allocate memory
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我在做膜蛋白模擬，按照J(rèn)ustin Lemkul的教程做的，用的是他的蛋白質(zhì)。前面一切順利，但是到Solvate with water的時(shí)候他沒(méi)有給出具體的做法，我的做法是：把 “vdwradii.dat and change the value of C from 0.15 to 0.375.“這一步做完后這樣寫： genbox -cp em3.gro -cs spc216.gro -o 1-solv.gro -p 1.top ；；em3.gro是： perl inflategro.pl confout.gro 0.95 DPPC 0 system_shrink1.gro 5 area_shrink1.dat Follow this up by another round of EM；；；； 中EM的產(chǎn)物。 這樣之后出現(xiàn)下面錯(cuò)誤： Fatal error: Not enough memory. Failed to realloc 1008588696 bytes for nlist->jjnr, nlist->jjnr=0x50555008 (called from file ns.c, line 541) 而我的ubuntu系統(tǒng)剩余空間為11.1GB>1008588696 B=0.94GB， 請(qǐng)問(wèn)這是什么原因呢？ 感覺(jué)在genbox之前再加上 editconf -f em3.gro -o em3.gro -c -d 1.0 -bt cubic 更加不對(duì)呀，這樣box會(huì)把蛋白質(zhì)和膜一起包起來(lái)，我這樣做出現(xiàn)類似上面的錯(cuò)誤，并且后邊的那個(gè)空間值會(huì)更加大…… 請(qǐng)教高手幫忙  [ Last edited by 奮斗1s on 2011-6-1 at 11:51 ] |
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2樓2011-06-01 23:06:51
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