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zhangyanjenny金蟲 (正式寫手)
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[交流]
fix ave/time能不能分步輸出？能不能不輸出到文件？ 已有2人參與
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想用fix ave/time將計算數(shù)值做平均然后輸出 有幾個問題想問問大家： 問題一: 1. fix ave/time的輸出只能輸出到文件嗎？能不能作為thermo_style或者dump custom的參數(shù)輸出? 問題二: 2. fix ave/time的輸出能不能分步輸出？比如我每隔100步輸出一個文件(或其他輸出形式)，我試了，用通配符“*” fix 1 all ave/time 2 5 100 v_fx fx.*.data 提示出錯 問題三： 3. 如果我想計算系統(tǒng)的徑向分布函數(shù)RDF，命令如下 compute 1 sample rdf 50 fix 1 sample ave/time 100 1 100 c_1 file sample.rdf model vector 輸出后的文件sample.rdf中的數(shù)據(jù)怎么處理呢？ |
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xunbao15
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 歡迎多來分子模擬板塊解答 2011-06-02 18:24:11
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 歡迎多來分子模擬板塊解答 2011-06-02 18:24:11
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1. 你為什么不想單獨輸出到文件？單獨輸出最好不過了。輸出到thermo_style或dump custom當(dāng)然都是可以的， 可這樣很容易在輸出步數(shù)上出現(xiàn)問題，他們?nèi)叨加凶约旱腘every, Nrepeat, Nfreq, 同時使用會是什么效果要實驗了才知道。 2. 為什么想分步輸出？文件很大？你要的結(jié)果我覺得都可以在后處理中完成。文件分割，excel處理都可以的。 3. sample.rdf 是按步數(shù)輸出的rdf幀（10，20，30。。。），兩列是distance，g（r），最后一幀是所有前面rdf幀的平均值。如果沒有特殊需要，這幀就是你要的結(jié)果。把這幀的數(shù)據(jù)copy出來到畫圖軟件，distance是x軸，g（r）是y軸，就出來rdf曲線了。 |
2樓2011-06-02 01:00:28
527751273
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你好，請問為什么會出現(xiàn)以下錯誤“ERROR: Pair_coeff command before simulation box is defined”。 # 3d contact simulation processors 2 2 2 #units lj #boundary p p s #atom_style atomic #neighbor 0.3 bin #neigh_modify delay 5 # create geometry #read_data bent_2.data #lattice fcc 1 #region sample block -15 70 -15 70 -35 20 #create_atoms 2 region sample #mass 1 1 #mass 2 1 #mass 3 1 #mass 4 1 # lj potentials pair_style lj/cut 1.5 pair_coeff * * 1.0 1.0 1.5 ERROR: Pair_coeff command before simulation box is defined |
3樓2011-06-02 22:06:55
xunbao15
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5277512734樓2011-06-04 12:14:08
527751273
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5樓2011-06-04 17:19:17
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