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herarysara木蟲 (小有名氣)
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gaussian09輸入文件
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站內(nèi)有很多關(guān)于linux下Gaussian 輸入文件問題，可是還是不能解決，希望大家再幫幫忙。 問題：運(yùn)行g(shù)09（g09 AuCl3.gjf）后出現(xiàn)：ntrex1: Bad file descriptor 同時(shí)檢查了 l AuCl3.gjf more AuCl3.gjf 都沒有問題。如圖示。 |
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herarysara
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2樓2011-06-13 10:12:42
kaegi
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樓主輸入文件可能存在下面幾個(gè)問題：一個(gè)是沒有指定計(jì)算所使用的核數(shù)和內(nèi)存，一般在開始用%nproc=3換行%mem=2GB來(lái)表示。 另外樓主計(jì)算的原子可能不適合用3-21這么小的基組，應(yīng)該用贗勢(shì)場(chǎng)基組才對(duì)。我寫了一個(gè)com文件，以供樓主參考。里面的分子坐標(biāo)請(qǐng)自行替換掉就可以了。 |
3樓2011-06-13 10:32:55
kaegi
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4樓2011-06-13 10:34:36
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| 哦，還有個(gè)可能需要注意的是，在linux模式下運(yùn)行作業(yè)是需要把文件的格式轉(zhuǎn)變?yōu)閷?duì)應(yīng)系統(tǒng)下的格式，否則有的表示系統(tǒng)是不認(rèn)識(shí)的。哎，人老了，一時(shí)間想問題就想不全。。。 |
5樓2011-06-13 10:36:46
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https://bse.pnl.gov/bse/portal 樓主可以到上面的網(wǎng)站查一下基組適用范圍，Au很明顯不適合用3-21g算，推薦適用贗勢(shì)場(chǎng)基組 cpu數(shù)，內(nèi)存，使用的硬盤大小等等高斯一般有默認(rèn)的設(shè)置，但最好還是自己設(shè)置好 |
6樓2011-06-13 10:43:20
herarysara
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8樓2011-06-13 16:30:01
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9樓2011-06-13 18:53:01
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