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1樓 2011-06-16 10:51:47

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嚙風(fēng)

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【答案】應(yīng)助回帖

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wickhamhan(金幣+3): 2011-06-16 14:18:46
dhd997(金幣+6, EPI+1): good 2011-06-16 15:00:53

已知全基因組序列，上有一個(gè)調(diào)控基因，請問如何確定它的啟動子
+++++++++++++++++++++++因?yàn)闃侵鞯膶I(yè)上面寫的是微生物生理類，所以我僅以簡單的原核生物為例來回答這個(gè)問題。
正如三樓回答的，有許多網(wǎng)站可以預(yù)測原核生物的啟動子區(qū)，注意是區(qū)，里面包含了，啟動子區(qū)的核心要素：-35，-10，轉(zhuǎn)錄起始為點(diǎn)。但是這是經(jīng)驗(yàn)預(yù)測，那么如果你要發(fā)文章確認(rèn)這一段DNA序列，那么你首先確認(rèn)轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)，一般是引物延伸分析（primer extension analysis），這個(gè)位點(diǎn)確認(rèn)好后，然后再結(jié)合生物信息學(xué)預(yù)測，上推10個(gè)，35個(gè)BP，一般就OK了。當(dāng)然，還有一種就是我只要這一段，我不需要具體的位點(diǎn)信息，那么一般是在這個(gè)基因的上游，分別取ATG上游100BP， 101-200BP等等，然后將這些片斷分別連接到無LAC啟動子區(qū)的LACZ基因上游（這個(gè)LACZ基因是沒有本身啟動子的，基因的表達(dá)就要依賴你連接片斷啟動子活性的有無），然后通過IPTG誘導(dǎo)，測量半乳糖苷酶的活性來找到這個(gè)啟動子區(qū)。

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4樓2011-06-16 13:14:59

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lyx20041102

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
wickhamhan(金幣+1): 2011-06-17 08:38:43
西瓜(金幣+3): 鼓勵 2011-06-18 10:03:45

我做的是原核生物，ATG前500bp之內(nèi)一般能有啟動子了。

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10樓2011-06-17 02:43:30

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天使托

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【答案】應(yīng)助回帖

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wickhamhan(金幣+3): 2011-06-16 14:18:32
dhd997(金幣+2): 鼓勵之，看樓下 2011-06-16 15:00:29

往這個(gè)基因前面基因的終止子（TGA）前面擴(kuò)上100bp,這是保證這個(gè)基因能帶上啟動子最穩(wěn)妥的方法。。。

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2樓2011-06-16 12:04:12

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yuxia82012

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wickhamhan(金幣+2): 2011-06-16 14:18:41
dhd997(金幣+2): 鼓勵 2011-06-16 15:00:42

有網(wǎng)址可以預(yù)測，但也是預(yù)測而已，最好是把這段基因弄下來搞到一個(gè)操縱子上游，看其能否啟動這個(gè)操縱子表達(dá)

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在等待中涅槃重生

3樓2011-06-16 12:37:10

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西瓜(金幣+3): 有道理 2011-06-16 17:31:52

引用回帖:

Originally posted by 天使托 at 2011-06-16 12:04:12:
往這個(gè)基因前面基因的終止子（TGA）前面擴(kuò)上100bp,這是保證這個(gè)基因能帶上啟動子最穩(wěn)妥的方法。。。

這個(gè)回答我覺得有點(diǎn)偏頗，因?yàn)閮蓚€(gè)基因之間可能會有較長的Intergenic region，而這里面往往會有一些調(diào)控區(qū)，包括啟動子區(qū)，另外如果這兩個(gè)臨近基因是轉(zhuǎn)錄方向相反，這個(gè)答案也是不適合的

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5樓2011-06-16 13:26:24

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引用回帖:

Originally posted by 嚙風(fēng) at 2011-06-16 13:26:24:
這個(gè)回答我覺得有點(diǎn)偏頗，因?yàn)閮蓚€(gè)基因之間可能會有較長的Intergenic region，而這里面往往會有一些調(diào)控區(qū)，包括啟動子區(qū)，另外如果這兩個(gè)臨近基因是轉(zhuǎn)錄方向相反，這個(gè)答案也是不適合的

多謝指正，這個(gè)確實(shí)有些不夠準(zhǔn)確。。。要視具體情況而定的。。。但是一般情況下是往相同方向前面的那個(gè)基因終止子前100bp就可以了。。。

您所說的基因往前100bp或者200bp，其實(shí)也不一定這樣子的。

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6樓2011-06-16 13:35:30

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嚙風(fēng)

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dhd997(金幣+2): 很活躍，鼓勵之 2011-06-16 15:15:26

引用回帖:

Originally posted by 天使托 at 2011-06-16 13:35:30:
多謝指正，這個(gè)確實(shí)有些不夠準(zhǔn)確。。。要視具體情況而定的。。。但是一般情況下是往相同方向前面的那個(gè)基因終止子前100bp就可以了。。。

您所說的基因往前100bp或者200bp，其實(shí)也不一定這樣子的。

恩，其實(shí)這個(gè)啟動子區(qū)討論起來蠻復(fù)雜的，特別是如果兩個(gè)基因是相同方向，很可能組成一個(gè)轉(zhuǎn)錄單元，所以還是要具體分析

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7樓2011-06-16 13:46:03

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terry130

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西瓜(金幣+3): 很活躍��！一般2000bp也ok了，3000bp保險(xiǎn)點(diǎn)。 2011-06-16 17:33:01
wickhamhan(金幣+2): 2011-06-17 08:38:33

啟動子元件一般都分布在第一個(gè)外顯子上游3000bp以內(nèi)，也就是5‘ flanking sequence。既然全基因組序列已知，那么調(diào)出3000bp的5’flanking sequence然后去用軟件查一下CPG ISLAND，也可以用一些專業(yè)的promoter prediction軟件來分析氣啟動子元件。這些軟件google一下就有，protocol online上也有，很多都是免費(fèi)的在線版。

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摒氣動方息，寧神心自明。

8樓2011-06-16 16:45:12

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xtcao668

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wickhamhan(金幣+1): 2011-06-17 08:38:57

一般是軟件預(yù)測，可以克隆了預(yù)測的啟動子去驗(yàn)證。

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生活的理想就是理想的生活

9樓2011-06-16 23:14:17

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