 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1732 | 回復(fù): 4 | ||
baiyuefei版主 (文學(xué)泰斗)
風(fēng)雪
|
[求助]
請問我這個化合物該用什么方法計算，急！重獎！
|
|
有機單晶，DFT B3LYP with a 6-31G(d) basis set 計算優(yōu)化了得到了構(gòu)象和真實的單晶構(gòu)象做比較，投了篇文章。分子內(nèi)存在C-H…pi contact作用。 審稿人說分子如存在C-H…pi contact，就不能用這計算方法優(yōu)化計算，具體信息如下。 我該怎么辦呢？用什么方法計算啊？看了些文獻可自己還是不知道怎么計算啊。非本專業(yè)麻煩各位大家?guī)臀铱纯戳?img src="https://muchongimg.xmcimg.com/data/emuch_bbs_images/smilies/wink.gif" align="absmiddle" border="0"> 1 General methodology for QM calculations. Authors should give more insights in computational details. Was located minima confirmed by frequency calculations. Have they also done wave function stability calculations for optimized structures? If not those calculations have to be done in order to fully characterize located states. Another suggestion on how to find the conformations closest to the X-ray conformations is to start from X-ray pdb structure and see how it will be optimized within QM. 2 Chosen level for calculations. Authors are paying attention to CH…pi , assuming that they are main forces stabilizing the compound ("The conformations of molecules investigated are determined mainly by hydrogen bonds and electrostatic interactions"  . Indeed C-H…pi contact is mainly established by dispersion forces rather than electrostatic [1]. From this point of view chosen DFT method is not the best choice to study those compounds. DFT has its limitations to describe dispersion interaction satisfactory and requires introduction of dispersion correction. That's probably why simplistic DFT approach (B3LYP/6-31G (d)) gave poor results. Authors should approach the question of choosing right level of computations carefully.There are a couple of reviews available on this problem [2-3]. Additional calculations at higher level are reasonable and needed to complete the study.我的化合物結(jié)構(gòu)式 [ Last edited by baiyuefei on 2011-6-16 at 20:32 ] |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
PDF在線壓縮軟件
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
材料/化學(xué)相關(guān)專業(yè)2026級學(xué)術(shù)/專業(yè)型碩士研究生
已經(jīng)有19人回復(fù)
-
物理化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有180人回復(fù)
-
求催化作用基礎(chǔ)第三版 （甄開吉) 課件
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
26年材料/化學(xué)相關(guān)專業(yè)博士研究生招生 溫州大學(xué)化學(xué)與材料工程學(xué)院(26年秋季入學(xué))
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
哈爾濱工業(yè)大學(xué)（深圳）綠色化學(xué)團隊招收2026年秋季入學(xué)博士生
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
澳大利亞昆士蘭科技大學(xué)PhD博士獎學(xué)金
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
求助電催化劑制備，怎么在碳布表面生長PdCo合金
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
求助電催化劑制備，怎么在碳布表面生長PdCo合金
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
304求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 怎么能用量子化學(xué)計算含氮雜環(huán)芳香化合物與水分子的相互作用
已經(jīng)有17人回復(fù)
- 請問各位蟲友們，有木有做過這個化合物的��？跪求簡易安全的方法。謝謝！
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 急 問下我的化合物通過什么方法可以確定絕對構(gòu)型
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 用DMol3計算離子型化合物電荷的布局分布
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 請問高手：硼氫化鈉還原Schiff類型化合物中的C=N雙鍵的后處理提純有什么關(guān)鍵的嗎
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】請問用什么軟件模擬一個化合物并能優(yōu)化構(gòu)型計算出分子大小
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【請教】急求教: 過渡金屬與富含N的化合物絡(luò)合,用什么方法表征?
已經(jīng)有9人回復(fù)
zhangmt
至尊木蟲 (著名寫手)
我叫MT
- QC強帖: 5
- 應(yīng)助: 99 (初中生)
- 金幣: 6961.8
- 散金: 10406
- 紅花: 49
- 帖子: 1761
- 在線: 763.2小時
- 蟲號: 880392
- 注冊: 2009-10-22
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
gmy1990(金幣+3): 2011-06-16 21:16:28
baiyuefei(金幣+100): 2011-06-20 09:39:27
gmy1990(金幣+3): 2011-06-16 21:16:28
baiyuefei(金幣+100): 2011-06-20 09:39:27
|
1、審稿人問你是否對優(yōu)化的結(jié)構(gòu)做了頻率分析，確保沒有虛頻來證實這是個穩(wěn)定結(jié)構(gòu)；是否做了波函數(shù)穩(wěn)定測試，也可以用自選污染S^2來確認一下，如果自選污染比較大，嘗試用非限制開竅層計算雙自由自單重態(tài)；嘗試用單晶結(jié)構(gòu)做初始結(jié)構(gòu)再優(yōu)化； 2、普通的DFT/6-31g*無論是方法還是基組都不足以表征C-H…pi 作用，可以嘗試用lc-b3lyp或者pbepbe或者dft-d等描述長程作用和dispersion forces ，基組連彌散都沒有，更不合適，可加大到6-311++g**再優(yōu)化。 估計就是這個意思吧。 |
2樓2011-06-16 20:51:59
zhangmt
至尊木蟲 (著名寫手)
我叫MT
- QC強帖: 5
- 應(yīng)助: 99 (初中生)
- 金幣: 6961.8
- 散金: 10406
- 紅花: 49
- 帖子: 1761
- 在線: 763.2小時
- 蟲號: 880392
- 注冊: 2009-10-22
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
3樓2011-06-16 21:09:34
baiyuefei
版主 (文學(xué)泰斗)
風(fēng)雪
- 應(yīng)助: 4642 (副教授)
- 貴賓: 46.969
- 金幣: 658578
- 散金: 11616
- 紅花: 995
- 沙發(fā): 81
- 帖子: 69420
- 在線: 13321.8小時
- 蟲號: 676696
- 注冊: 2008-12-18
- 性別: GG
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
- 管轄: 有機交流
4樓2011-06-16 21:15:39
5樓2019-11-28 18:54:29
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 baiyuefei 的主題更新
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 梁成偉老師課題組歡迎你的加入 +8 | 一鴨鴨喲 2026-03-14 | 9/450 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑，求各位老師收留 +8 | 秋有木北 2026-03-14 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工 求調(diào)劑 +13 | enenenhui 2026-03-13 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 材料與化工一志愿南昌大學(xué)327求調(diào)劑推薦 +7 | Ncdx123456 2026-03-13 | 8/400 |
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +6 | 冬十三 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求老師收留調(diào)劑 +4 | jiang姜66 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +5 | 步川酷紫123 2026-03-11 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑 +4 | 奇點0314 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 中科大材料專碩319求調(diào)劑 +3 | 孟鑫材料 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑 +3 | ?醬給調(diào)劑跪了 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩，一志愿中國礦業(yè)大學(xué)，總分314，求調(diào)劑 +5 | 無懈可擊的巨人 2026-03-10 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 279求調(diào)劑 +3 | Dizzy123@ 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 332求調(diào)劑 +3 | zjy101327 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 315求調(diào)劑 +9 | 小羊小羊_ 2026-03-11 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 285化工學(xué)碩求調(diào)劑（081700） +6 | 柴郡貓_ 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 301求調(diào)劑 +6 | Liyouyumairs 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
|
[論文投稿]
投稿問題
 5+4
|
星光燦爛xt 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 070303一志愿西北大學(xué)學(xué)碩310找調(diào)劑 +3 | d如愿上岸 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +3 | 大口吃飯 身體健 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考博] 26讀博 +4 | Rui135246 2026-03-12 | 10/500 |
|