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五味小丹新蟲 (初入文壇)
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[求助]
SSR分子標(biāo)記讀帶方法及使用何種軟件進(jìn)行遺傳圖譜構(gòu)建較合適
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本人現(xiàn)在構(gòu)建一植物的遺傳連鎖圖譜，用到的主要分子標(biāo)記是共顯性分子標(biāo)記SSR。通過查閱文獻(xiàn)得知兩親本的分離類型種類達(dá)17種之多，目前遇到的主要問題是如何判斷兩親本的分離類型，以及如何判斷膠板上相鄰的兩條帶是否為等位基因，即讀帶方法。同時作圖群體為全同胞群體，應(yīng)用何種軟件構(gòu)圖較合適，請各位大蝦不吝賜教！ [ Last edited by 五味小丹 on 2011-6-26 at 20:11 ] |
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xiaohouo0
木蟲 (正式寫手)
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2樓2011-07-01 13:39:09
小凡198807
木蟲 (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
五味小丹(金幣+4): 謝謝！不過我現(xiàn)在最愁的問題是：有部分膠板主帶有三條或三條以上，且都靠的較近，都比較像等位基因，不知如何判斷 2011-07-01 18:43:51
五味小丹(金幣+1): 2011-07-04 15:13:51
五味小丹(金幣+5): 2011-09-29 16:24:13
五味小丹(金幣+1): 2011-07-04 15:13:51
五味小丹(金幣+5): 2011-09-29 16:24:13
| 條帶一般選擇讀取主條帶，也就是最亮也是最銳的一個，條帶太多的話，說明引物特異性不是很好，擴(kuò)增的雜帶較多，條帶少的話，一般用genemarker或者popgene來處理，方法可以在網(wǎng)上查到的，我最近也才做完SSR，反正我是這么讀條帶的，我?guī)熃愕臄?shù)據(jù)我是用genemarker和popgene來處理的 |
3樓2011-07-01 15:19:59
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