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xk6891

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[交流] Lammps trajectory----use VMD to make molecules whole again 已有1人參與

晚輩不會lammps，找到一個(gè)(use VMD to make molecules whole again)vmd處理lammps trajectory文本的腳本，希望能有哪位前輩貼一個(gè)關(guān)于這個(gè)腳本處理的trajectory文件的格式，幫助我理解一下這個(gè)腳本，也希望這個(gè)帖子能夠?qū)Υ蠹矣杏谩?br /> In LAMMPS trajectories are PBC
are applied per-atom in output
We can use VMD to make
molecules whole again:

CODE:

set mol [molinfo top]

set ring [atomselect $mol {type 3}]

set nf [molinfo $mol get numframes]

set sel [ atomselect top all ]

for {set i 0} {$i < $nf} {incr i} {

make_whole $mol $ring $i 8

}

proc make_whole {mol sel frame num} {

molinfo $mol set frame $frame

$sel frame $frame

set allcoord [$sel get {x y z}]

set num1 [expr {$num - 1}]

set boxhalf [vecscale 0.5 [molinfo $mol get {a b c}]]

set newcoord {}

while {[llength $allcoord] > 0} {

set coord [lrange $allcoord 0 $num1]

set allcoord [lrange $allcoord $num end]

set ref [lindex $coord 0]

lappend newcoord $ref

foreach atom [lrange $coord 1 end] {

set newatom {}

set dist [vecsub $atom $ref]

foreach d $dist b $boxhalf r $atom {

if {$d < -$b} { set r [expr {$r + 2.0*$b}]}

if {$d > $b} { set r [expr {$r - 2.0*$b}]}

lappend newatom $r }

lappend newcoord $newatom

} }

$sel set {x y z} $newcoord

)

回復(fù)此樓

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1樓 2011-07-01 11:08:35

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2樓2011-07-01 14:17:42

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Originally posted by xiaowu759 at 2011-07-01 14:17:42:
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可以提供一下lammps trajectory的格式么，如果能和配合腳本幫著疏通一下就更感激不盡了，腳本中還有一些地方不明白

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人生自古多險(xiǎn)阻，勤者自得天酬助。試問否泰何所依，枯藤老枝待新抽。臨淵躊躇終邁步，振翅鵬起云霄沖。似是前程甚堪憂，他日振臂攬蒼穹。

3樓2011-07-01 14:40:56

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引用回帖:

Originally posted by xk6891 at 2011-07-01 14:40:56:
可以提供一下lammps trajectory的格式么，如果能和配合腳本幫著疏通一下就更感激不盡了，腳本中還有一些地方不明白

不好意思，我不用LAMMPS，也不清楚。我想manual上應(yīng)該有介紹的。

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4樓2011-07-02 07:01:07

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