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弱的氫鍵如何加到cif里��？
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審稿人意見說： 1. In Table 1 (Hydrogen-bonding), add the following line: C2---H2B...N1(*) [C...N 3.389 A]. 但是這個(gè)氫鍵很弱，list里都找不到，連PLATON都檢測(cè)不出來，在Mercury中拓展可以看到這個(gè)弱H鍵 請(qǐng)問各位高手，如何才能找出這個(gè)氫鍵，加進(jìn)cif里啊 |
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hqzhang
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【答案】應(yīng)助回帖
shiluslu(金幣+10): 2011-07-04 10:54:41
shiluslu(金幣+5): 2011-07-23 20:37:38
shiluslu(金幣+5): 2011-07-23 20:37:38
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C-H...O這類氫鍵, Shelx好象不給計(jì)算, 至少是我不知道如何算. 那么怎么算呢? 方法一: 用Platon, 或者PWT中的Platon 其中有Calc H-bond或Calc all的命令 方法二: 用Material Studio可以檢查, 但要把C設(shè)為donor 但是, 根據(jù)一些蟲子的報(bào)道, Platon算出來的氫鍵, 其對(duì)稱操作碼會(huì)和XP和shelx 算出來的不一致. 這個(gè), 據(jù)我查看, 好象是Platon計(jì)算時(shí), 有時(shí)會(huì)把你的文件中的有些原子坐標(biāo)做個(gè)平移.(是不是這個(gè)原因, 要請(qǐng)熟悉Platon的人說說). 而要注意的是, 有時(shí)候, XP中的symmetry code (用SYMM指令)和最終CIF中的 也會(huì)有所不同, 比如 P2(1)/n, 在XP中, 就把-x, -y, -z排在2, 而在cif中是在3. 我的看法, 如果你的結(jié)構(gòu)是用Shelx或Shextl解的, 可以用Platon計(jì)算非常規(guī)氫鍵, 但不要相信platon所給的對(duì)稱操作碼, 因?yàn)閜laton做計(jì)算時(shí)可能把有些原子的坐標(biāo)平移了. 這時(shí)候, 要回過頭來用XP來查對(duì)正確的對(duì)稱操作碼. 比如我舉的上述例子, 用Platon算的, 有個(gè)氫鍵是 O(21) --H(6) ..O(27) [ 2545.07] 0.86 1.95 2.6946 145 那你用XP打開.ins, fmol后, arad 0.2 2 2 O21 envi o21 你就會(huì)發(fā)現(xiàn)與O21距離是2.6946對(duì)應(yīng)的O27的symmetry code是2556, symm 一下, 發(fā)現(xiàn) 2 對(duì)應(yīng)的是-x, -y, -z 所以, O27的對(duì)稱操作是-x, -y, 1-z 而要注意的是, 在CIF中, -x, -y, -z是排在第三個(gè)的, 所以O(shè)27的symmetry code 最后在CIF中應(yīng)為3556. 所以, 關(guān)鍵是要明白symmetry code的含義. 然后要以CIF中的為準(zhǔn). |
2樓2011-07-02 22:11:25
holynwu
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4樓2011-07-03 07:30:19
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