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lsh1986914

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[求助] vasp計算在進行靜態(tài)計算時，出錯。

本人在用計算機單機計算靜態(tài)的時候，發(fā)現(xiàn)了一個奇怪的錯誤。懇請哪位高手能夠指點一下。
  scf計算時INCAR文件中設(shè)置了電子局域函數(shù)ELEF=.T. 和電荷密度LCHARG=.T. 和 LWAVE=.T.  LVTOT=.T.  輸入命令運行，然后一直算到收斂，最后一次總能也進行了計算。然后就突然出錯了。最后發(fā)現(xiàn)文件ELECAR中沒有數(shù)據(jù)，而CHGCAR中數(shù)據(jù)完好。重復(fù)試了很多遍，結(jié)果都一樣，然后在網(wǎng)上查了一下，說是要在運行之前加上ulimit -s unlimited 這個命令，試了一下，發(fā)現(xiàn)那樣的問題依然存在，只不過ELECAR中確實有了數(shù)據(jù)，但是畫出的圖形明顯不對，因為我用在學(xué)校集群上計算的正確結(jié)果比較了一下，發(fā)現(xiàn)里面的數(shù)據(jù)與集群上算的對不上。
   現(xiàn)在確實是不知道該怎么辦了，哪位高手知道？
錯誤如下：

distr:  one band on 1 nodes, 4 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  1 types and 8 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(          1 )
reading WAVECAR
entering main loop
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
DAV: 1    0.227428344546E+03 0.22743E+03 -0.10903E+04 864 0.866E+02
DAV: 2 -0.421720498054E+02 -0.26960E+03 -0.25243E+03  1256 0.211E+02
DAV: 3 -0.779240547668E+02 -0.35752E+02 -0.35494E+02 904 0.881E+01
DAV: 4 -0.789593115069E+02 -0.10353E+01 -0.10275E+01 976 0.187E+01
DAV: 5 -0.789970897650E+02 -0.37778E-01 -0.37680E-01  1072 0.331E+00 0.111E+01
DAV: 6 -0.753563317049E+02 0.36408E+01 -0.34296E+00 904 0.904E+00 0.586E+00
DAV: 7 -0.739653410792E+02 0.13910E+01 -0.41369E+00  1024 0.977E+00 0.103E+00
DAV: 8 -0.739362657268E+02 0.29075E-01 -0.99217E-02  1040 0.154E+00 0.160E-01
DAV: 9 -0.739273912855E+02 0.88744E-02 -0.68565E-03 896 0.372E-01 0.123E-01
DAV:  10 -0.739156206126E+02 0.11771E-01 -0.13914E-02 840 0.391E-01 0.695E-02
DAV:  11 -0.739147614279E+02 0.85918E-03 -0.55427E-03 808 0.329E-01 0.723E-02
DAV:  12 -0.739181538854E+02 -0.33925E-02 -0.21520E-03 768 0.259E-01 0.588E-02
DAV:  13 -0.739209887647E+02 -0.28349E-02 -0.16693E-03 720 0.206E-01 0.132E-02
DAV:  14 -0.739213629093E+02 -0.37414E-03 -0.23870E-04 688 0.733E-02 0.135E-02
DAV:  15 -0.739215243979E+02 -0.16149E-03 -0.25013E-05 536 0.267E-02 0.255E-03
DAV:  16 -0.739215730369E+02 -0.48639E-04 -0.83250E-06 536 0.126E-02
1 F= -.73921573E+02 E0= -.73921530E+02  d E =-.869050E-04
writing wavefunctions
[localhost:13296] *** Process received signal ***
[localhost:13296] Signal: Segmentation fault (11)
[localhost:13296] Signal code:  (128)
[localhost:13296] Failing at address: (nil)
[localhost:13296] [ 0] /lib64/tls/libpthread.so.0 [0x33ab50c5b0]
[localhost:13296] [ 1] /opt/openmpi/lib/libopen-pal.so.0(_int_malloc+0x4b5) [0x2a97d8f085]
[localhost:13296] [ 2] /opt/openmpi/lib/libopen-pal.so.0(malloc+0x83) [0x2a97d901d3]
[localhost:13296] [ 3] /opt/openmpi/lib/openmpi/mca_coll_tuned.so(ompi_coll_tuned_allreduce_intra_ring+0x107) [0x2a9ba504b7]
[localhost:13296] [ 4] /opt/openmpi/lib/openmpi/mca_coll_tuned.so(ompi_coll_tuned_allreduce_intra_dec_fixed+0x20) [0x2a9ba4e490]
[localhost:13296] [ 5] /opt/openmpi/lib/libmpi.so.0(PMPI_Allreduce+0x175) [0x2a97abf695]
[localhost:13296] [ 6] /opt/openmpi/lib/libmpi_f77.so.0(pmpi_allreduce+0xe9) [0x2a979666d9]
[localhost:13296] [ 7] vaspmpi(m_sum_d_+0xed) [0x47af7d]
[localhost:13296] [ 8] vaspmpi(mrg_grid_rl_plane_+0x319) [0x5022c9]
[localhost:13296] [ 9] vaspmpi(fileio_mp_outchg_+0x73e) [0x785dae]
[localhost:13296] [10] vaspmpi(MAIN__+0x3c02c) [0x46bd7c]
[localhost:13296] [11] vaspmpi(main+0x3c) [0x42fd3c]
[localhost:13296] [12] /lib64/tls/libc.so.6(__libc_start_main+0xdb) [0x33aac1c3fb]
[localhost:13296] [13] vaspmpi [0x42fc6a]
[localhost:13296] *** End of error message ***
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image             PC             Routine          Line       Source
libpthread.so.0 00000033AB50C5B0  Unknown             Unknown  Unknown
mca_btl_sm.so    0000002A9B52AA6E  Unknown             Unknown  Unknown
mca_bml_r2.so    0000002A9B1F4252  Unknown             Unknown  Unknown
libopen-pal.so.0 0000002A97D72A3A  Unknown             Unknown  Unknown
mca_pml_ob1.so    0000002A9B0E80EA  Unknown             Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA505B8  Unknown             Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA4E490  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi.so.0       0000002A97ABF695  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi_f77.so.0 0000002A979666D9  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          000000000047AF7D  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          00000000005022C9  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          0000000000785DAE  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          000000000046BD7C  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          000000000042FD3C  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00000033AAC1C3FB  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          000000000042FC6A  Unknown             Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image             PC             Routine          Line       Source
libpthread.so.0 00000033AB50C5B0  Unknown             Unknown  Unknown
libopen-pal.so.0 0000002A97D72A04  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi.so.0       0000002A97AAB9F9  Unknown             Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA506F4  Unknown             Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA4E490  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi.so.0       0000002A97ABF695  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi_f77.so.0 0000002A979666D9  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          000000000047AF7D  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          00000000005022C9  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          0000000000785DAE  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          000000000046BD7C  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          000000000042FD3C  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00000033AAC1C3FB  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          000000000042FC6A  Unknown             Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image             PC             Routine          Line       Source
libpthread.so.0 00000033AB50C5B0  Unknown             Unknown  Unknown
mca_btl_sm.so    0000002A9B52A946  Unknown             Unknown  Unknown
mca_bml_r2.so    0000002A9B1F4252  Unknown             Unknown  Unknown
libopen-pal.so.0 0000002A97D72A3A  Unknown             Unknown  Unknown
mca_pml_ob1.so    0000002A9B0E80EA  Unknown             Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA50664  Unknown             Unknown  Unknown
mca_coll_tuned.so  0000002A9BA4E490  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi.so.0       0000002A97ABF695  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi_f77.so.0 0000002A979666D9  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          000000000047AF7D  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          00000000005022C9  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          0000000000785DAE  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          000000000046BD7C  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          000000000042FD3C  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00000033AAC1C3FB  Unknown             Unknown  Unknown
vaspmpi          000000000042FC6A  Unknown             Unknown  Unknown
mpirun noticed that job rank 0 with PID 13296 on node localhost.localdomain exited on signal 11 (Segmentation fault).

回復(fù)此樓

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1樓 2011-07-05 13:16:09

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感覺是編譯沒編譯好

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2樓2011-07-05 21:00:07

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paper我要好多好的的paper

3樓2011-07-05 22:30:24

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引用回帖:

1樓: Originally posted by lsh1986914 at 2011-07-05 13:16:09:
本人在用計算機單機計算靜態(tài)的時候，發(fā)現(xiàn)了一個奇怪的錯誤。懇請哪位高手能夠指點一下。
scf計算時INCAR文件中設(shè)置了電子局域函數(shù)ELEF=.T. 和電荷密度LCHARG=.T. 和 LWAVE=.T. LVTOT=.T. 輸入命令運行，然后 ...

同樣的問題，樓主你懂得~~

贊一下

回復(fù)此樓

人有多大膽，地有多大產(chǎn)！

4樓2011-08-09 15:05:39

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