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kehan_1230

銅蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 高分子物理與高分子物理化

[交流] fix rigid 以及neigh_modify

體系：軟鏈（chain）+硬棒（rod）
group rod type 1
group chain type 2

更新位置時(shí)使用如下fix：
fix             1 chain nve
fix             2 rod rigid molecule

按照手冊(cè)中說：
For computational efficiency, you may wish to turn off pairwise and bond interactions within each rigid body, as
they no longer contribute to the motion. The neigh_modify exclude and delete_bonds commands are used to do
this.

體系中的硬棒沒有定義成鍵關(guān)系，因此不存在使用delete_bonds命令。在保證其他所有命令和參數(shù)一致的情況下，我使用如下兩種neigh_modify做測(cè)試：
（1）neigh_modify    delay 3 every 1
（2）neigh_modify    delay 3 every 1 exclude molecule rod（體系中包含很多個(gè)rod分子）
按照手冊(cè)中的說法，上述兩種neigh_modify之間只存在計(jì)算效率的問題，不會(huì)帶來結(jié)果的差異�？墒俏腋櫫梭w系中rod的均方位移，發(fā)現(xiàn)兩者不一致。
是不是我什么地方理解錯(cuò)了？
請(qǐng)各位指點(diǎn)……

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1樓 2011-07-08 14:07:08

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