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Windows下編譯安裝MuSic code
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最近學(xué)習(xí)了版主ghcacj關(guān)于Music的帖子，受益良多，終于成功的在Linux下重復(fù)了Tina主頁提供的IRMOF1吸附甲烷的例子，在此對(duì)版主ghcacj的無私奉獻(xiàn)表示感謝。 安裝過程中發(fā)現(xiàn)，最新的Intel Fortran XE用了編譯Music是有點(diǎn)問題的，不可避免的出現(xiàn)了“段錯(cuò)誤”，所以不推薦使用，我最終是用來11.0的版本才解決了“段錯(cuò)誤”的問題。 我最初曾經(jīng)嘗試過在windows下編譯安裝Music code，那時(shí)候經(jīng)驗(yàn)不多，后來放棄了。但是經(jīng)過此次在linux下的安裝經(jīng)驗(yàn)，終于解決了原先的一些問題�，F(xiàn)在可以正常的在Windows7操作系統(tǒng)下編譯運(yùn)行Music了，也成功的重復(fù)了IRMOF1吸附甲烷的例子。 現(xiàn)將在windows下安裝的一些經(jīng)驗(yàn)分享給大家，這也是對(duì)版主ghcacj帖子的一個(gè)小小補(bǔ)充。這對(duì)于一些不熟悉linux的網(wǎng)友還是有可取之處的。Music中的每個(gè)文件的具體內(nèi)容和含義，請(qǐng)參見版主ghcacj的帖子，這里只描述具體的安裝編譯過程。 1. 所需程序 （1）Visual Studio 2008: 只需要安裝其中的C++組件即可（如果你不需要其他的應(yīng)用，完全安裝需要很大的磁盤空間）。VS2008可以用學(xué)校的郵箱在微軟網(wǎng)頁上申請(qǐng)到免費(fèi)的版本，目前應(yīng)該是VS2010了，具體的可以在網(wǎng)上查找一下； （2）Intel Visual FORTRAN Complier 11.0.072：最新的XE版有點(diǎn)小問題，會(huì)出現(xiàn)段錯(cuò)誤，不建議使用。11.0這個(gè)版本網(wǎng)上也很容易找到； （3）Windows下的perl：strawberry-perl-5.12.3.0，用來運(yùn)行makemake，生產(chǎn)編譯用的makefile文件�？梢詮钠涔俜骄W(wǎng)頁下載，是免費(fèi)的 （http://strawberryperl.com/ ）； （4）Windows下的Make：GNUwin32 Make-3.81，用了執(zhí)行makefile文件，可以從其官方網(wǎng)頁下載，也是免費(fèi)的 （http://gnuwin32.sourceforge.net/packages.html ）。 GNUMake和perl都是很小的軟件，安裝之后，可以在系統(tǒng)環(huán)境變量中path中添加C:\strawberry\perl\bin;C:\Program Files\GnuWin32\bin這兩條路徑，注意用分號(hào)與原先的項(xiàng)隔開，這樣可以避免運(yùn)行的時(shí)候輸入完整的路徑。這里給的路徑是默認(rèn)安裝的路徑，如果選擇了其他路徑，要做相應(yīng)的修改。 2. 編譯 （編譯過程和版主ghcacj介紹的在linux下的方法類似，只是稍有不同。） （1）MuSic源代碼的獲�。褐苯訌腟nurr Research Group的主頁下載，下載之前先需要先給Snurr教授發(fā)封郵件。http://zeolites.cqe.northwestern.edu/software.php ； （2）將MuSic源代碼解壓到D:\music目錄下，（或者你喜歡的工作目錄），解壓之后其中應(yīng)該包含[ctrlfiles], [drivers], [src], [tests]和[utils] 5個(gè)目錄以及GPL和license 2個(gè)文件； （3）編輯makemake文件 首先需要修改 [scr]目錄中的makemake文件，修改項(xiàng)如下（假設(shè)你用的是UltraEdit編輯器，可以顯示行號(hào)，此處的行號(hào)指的是修改之前的行號(hào)）： 第120行: FC = defaultCompiler >>> FC = ifort (! 設(shè)定ifort為默認(rèn)編譯器) 第149行：F90FLAGS = -g -debug all -check all # -O3 # -DSPME # untested options >>> F90FLAGS = /heap-arrays:64 /fpp /fpe:3 /fast /debug:full /check:noarg_temp_created /O3 # -DSPME # untested options 第150行：F77FLAGS = # -O3 >>> F77FLAGS = /heap-arrays:64 /fpp /fpe:3 /fast /debug:full /check:noarg_temp_created /O3 （！添加適當(dāng)?shù)木幾g選項(xiàng)） 第209行：%.o : %.F90 >>> %.obj : %.F90 （！windows下編譯過程中的目標(biāo)文件為*.obj，linux下的為*.o） 第211行：%.o : %.F >>> %.obj : %.F 第221行：$objectfile =~ s/(.*?\.)F90/$1o/i; >>> $objectfile =~ s/(.*?\.)F90/$1obj/i; 第222行：$objectfile =~ s/(.*?\.)F/$1o/; >>> $objectfile =~ s/(.*?\.)F/$1obj/; 第235行：$(FC) $(DEBUG_FLAGS) $(OFLAGS) $(LINKERFLAGS) $(OBJECTS) -o ../$(CMD) >>> $(FC) $(DEBUG_FLAGS) $(OFLAGS) $(LINKERFLAGS) $(OBJECTS) /o ../$(CMD) 第238行：$(FC) $(DEBUG_FLAGS) $(OFLAGS) $(OBJECTS) -o ../$(CMD) >>> $(FC) $(DEBUG_FLAGS) $(OFLAGS) $(OBJECTS) /o ../$(CMD) 第241行：/bin/rm -f *.o *.i *.il *.mod a.out make.log >>> /bin/rm -f *.obj *.i *.il *.mod a.out make.log 第244行：rm -f *.o *.i >>> rm -f *.obj *.i 第266行：$objfile = $rootname.".o"; >>> $objfile = $rootname.".obj"; 第270行：print OUTFILE (" $$sortedfiles[$f]{modarray}[$i].o"  ; >>>print OUTFILE (" $$sortedfiles[$f]{modarray}[$i].obj" ; 另外從第157至199行的內(nèi)容可以刪除，對(duì)我們沒什么用處，保留也可以，沒有影響。 （4）編譯 （編譯了tinu網(wǎng)頁上給出的5個(gè)代碼：music_mapmaker.F90， music_mapdisplay.F90， music_md.F90， music_gcmc.F90， music_post.F90） 以music_mapmaker.F90為例： 從[drivers]中將music_mapmaker.F90復(fù)制到[src]中，將文件名改為music.F90，網(wǎng)頁上說明F必須大寫，這可能與linux下實(shí)施區(qū)分字母大小有關(guān)。 從開始--程序--intel fortran的目錄中進(jìn)入帶fortran編譯環(huán)境的命令提示符窗口（cmd窗口），我用的是IA-32模式。 在此cmd窗口中進(jìn)入工作目錄，比如 d:\music\src 輸入 perl makemake 回車 （！生產(chǎn)一個(gè)新的makefile文件） 輸入 make 回車，編譯開始 編譯結(jié)束后在music目錄中會(huì)生成一個(gè)post.exe文件，將其重新命名為mapmaker.exe。至此，完成一個(gè)完整的編譯過程。 將[src]目錄中的music.F90以及編譯過程中生存*.obj *.mod文件全部刪除，按照以上的步驟編譯下一個(gè)代碼。 最終得到mapmaker.exe，mapdisplay.exe，md.exe，gcmc.exe和post.exe 這5個(gè)可執(zhí)行文件。 3. 運(yùn)行 首先從tinu的主頁上下載IRMOF1吸附CH4的例子 Pmap make : http://www.see.ed.ac.uk/~tduren/ ... orial/make_pmap.tar gcmc : http://www.see.ed.ac.uk/~tduren/research/music/Tutorial/gcmc.tar （1）將make_pmap.tar解壓到 d:\make_pmap, 在其中發(fā)現(xiàn)4個(gè)文件夾[atoms], [molecules], [pmaps]和 [run]， 新開一個(gè)cmd窗口，進(jìn)入 d:\make_pmap\run 設(shè)置環(huán)境變量 windows下與linux少有不同，就是將set_path中的內(nèi)容稍加修改: set ATOMSDIR=d:\make_pmap\atoms 回車 set MOLSDIR=d:\make_pmap\molecules 回車 set PMAPDIR=d:\make_pmap\pmaps 回車 如果不想逐條輸入，也可以建一個(gè)*.bat的批處理文件將上面的內(nèi)容寫進(jìn)去，然后執(zhí)行。 環(huán)境變量設(shè)定好之后，就可以開始運(yùn)行，生產(chǎn)Pmap文件，將mapmaker.exe復(fù)制到[run],然后在cmd中執(zhí)行： mapmaker.exe ctr.map.IRMOF1.CH4 > pmap.log （！> pmap.log 會(huì)生成一個(gè)記錄文件，其中包含了一些有用的信息，不加也行，建議加上） 運(yùn)行結(jié)束后會(huì)生成IRMOF1.CH4.UFF.pmap文件，~50M，備用。 （2）將gcmc.tar解壓到 d:\gcmc, 其中也包含4個(gè)文件夾[atoms], [molecules], [pmaps]和 [run]， 將先前得到的IRMOF1.CH4.UFF.pmap文件復(fù)制到 [pmaps]中，將gcmc.exe和post.exe復(fù)制到[run]中。 新開一個(gè)cmd窗口，進(jìn)入 d:\gcmc\run 設(shè)置環(huán)境變量: set ATOMSDIR=d:\gcmc\atoms 回車 set MOLSDIR=d:\gcmc\molecules 回車 set PMAPDIR=d:\gcmc\pmaps 回車 然后執(zhí)行g(shù)cmc.exe gcmc.Methane.IRMOF1 > gcmc.log 運(yùn)行結(jié)束后，生產(chǎn)各15個(gè)*.res和*.con文件。 （3）繼續(xù)進(jìn)行post得到isotherm數(shù)據(jù) d:\gcmc\run 中的post.ctr文件有個(gè)小錯(cuò)誤，要修改一下 第8行：IRMOF.Methane.con # basename for config files >>> IRMOF1.Methane.con # basename for config files 繼續(xù)在先前的cmd窗口中執(zhí)行（若新開cmd窗口，要再次設(shè)定環(huán)境變量） post.exe post.ctr > post.log 運(yùn)行結(jié)束后會(huì)得到isotherm.Methane文件，其中包含了isotherm的信息。 至此全部運(yùn)行結(jié)束，至于將吸附數(shù)值由total轉(zhuǎn)換成excess，可以在excel中完成，可參見版主ghcacj的相關(guān)帖子。 ************************** 歡迎討論！ [ Last edited by lmylmy on 2011-7-14 at 01:25 ] |
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ghcacj
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4樓2011-07-14 11:50:53
ghcacj
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2樓2011-07-14 10:04:34
3樓2011-07-14 11:25:58
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zh1987hs(金幣+3): 謝謝 2011-07-21 07:32:22
zh1987hs(金幣+3): 謝謝 2011-07-21 07:32:22
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用版主ghcacj 提供的MFI吸附CO2例子，對(duì)在win下和linux下的計(jì)算時(shí)間做了進(jìn)一步比較 比較的結(jié)果: 系統(tǒng)(原生)： Windows7 SP1 Ubuntu 11.04 CPU： AMD Athlon 64 X2 5000+ 2.6 GHz 計(jì)算體系： MFICO2 時(shí)間： 2.5 h 7.5 h 好像還是Win下快些，個(gè)人猜測(cè)win下的intel fortran對(duì)代碼進(jìn)行了優(yōu)化，linux下的免費(fèi)版可能沒做優(yōu)化。 |
5樓2011-07-20 22:12:01
簡單回復(fù)
niliu9樓
2011-12-04 22:36
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