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whjhx

金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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[交流] 不同來(lái)源的同一種微生物基因序列是否相同

同一種方法分離自不同地方，比如水、土壤或植物中的同一種微生物，其16S或18S rRNA序列會(huì)否不同？或者是否有實(shí)質(zhì)性或功能性的不同？

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1樓 2011-07-15 14:35:24

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fwks3518

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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whjhx(金幣+1): 2011-07-17 11:49:07

引用回帖:

Originally posted by whjhx at 2011-07-16 09:24:22:
同一種方法分離自不同地方，比如水、土壤或植物中的同一種微生物，已確定是同種，而且就我個(gè)人的目的來(lái)說(shuō)它們的功能是基本相同的，不知道還能利用它們做什么？直白說(shuō)就是怎么利用它們發(fā)篇PAPER呢？

同一種微生物分離自不同環(huán)境，意味著為了適應(yīng)環(huán)境，該微生物可能在會(huì)存在不同的適應(yīng)方式，可能存在亞種或者更低層次的分類(lèi)，可以試著進(jìn)行分析環(huán)境與微生物適應(yīng)性的關(guān)系。
或者這樣的素材可以寫(xiě)成比較轉(zhuǎn)錄組、比較基因組等比較性文章或者。

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9樓2011-07-17 08:22:48

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xiadongliang

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whjhx(金幣+1):謝謝參與
dhd997(金幣+2): 鼓勵(lì) 2011-07-15 18:51:03
whjhx(金幣+2): 2011-07-16 09:24:47

引用回帖:

Originally posted by whjhx at 2011-07-15 14:35:24:
同一種方法分離自不同地方，比如水、土壤或植物中的同一種微生物，其16S或18S rRNA序列會(huì)否不同？或者是否有實(shí)質(zhì)性或功能性的不同？

沒(méi)有功能上的不同，16S和18S不表達(dá)。
但是序列估計(jì)會(huì)有所不同。因?yàn)榧?xì)菌的變異比較大。

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2樓2011-07-15 14:45:00

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whjhx

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引用回帖:

Originally posted by xiadongliang at 2011-07-15 14:45:00:
沒(méi)有功能上的不同，16S和18S不表達(dá)。
但是序列估計(jì)會(huì)有所不同。因?yàn)榧?xì)菌的變異比較大。

謝謝！研究它們16S和18S序列的不同有沒(méi)有什么意義啊？會(huì)說(shuō)明什么問(wèn)題呢？

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3樓2011-07-15 14:55:47

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fwks3518

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whjhx(金幣+1):謝謝參與
dhd997(金幣+2): 鼓勵(lì) 2011-07-15 18:51:17
whjhx(金幣+2): 2011-07-16 09:24:39

16s或者18s是看家基因（housekeeping gene），在進(jìn)化中基本是不會(huì)發(fā)生重大變異的，變異速率很慢，研究不同微生物16s或18s一般可以構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)，或者是鑒定種屬關(guān)系，一般用于種以上的鑒定。

ps：樓上說(shuō)16s和18s不表達(dá)是不對(duì)的，二者都是穩(wěn)定轉(zhuǎn)錄的

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4樓2011-07-15 15:17:35

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