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cat78323新蟲 (初入文壇)
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[求助]
初學(xué)Membrane Proteins Tutorial無法產(chǎn)生buildpsf.tcl
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最近兩天學(xué)習(xí)運(yùn)用VMD建構(gòu)出一個(gè)KcsA，但是一直無法產(chǎn)生buildpsf.tcl檔案，煩請(qǐng)VMD的專家們幫我解惑。謝謝! |
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cat78323
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 29.5
- 帖子: 10
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- 蟲號(hào): 1347917
- 注冊(cè): 2011-07-17
- 專業(yè): 細(xì)胞生物學(xué)研究中的新方法
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自己頂上去! 感謝幾位好心人幫忙解惑.知道buildpsf.tcl檔案必須自己產(chǎn)生， 將下列的文字儲(chǔ)存成buildpsf.tcl檔案(存在01-BUILD目錄下) package require psfgen topology ../top_all27_prot_lipid.rtf pdbalias residue HIS HSE pdbalias atom ILE CD1 CD pdbalias atom HOH O OH2 pdbalias residue HOH TIP3 foreach S { A B C D } { segment $S { pdb seg$S.pdb } coordpdb seg$S.pdb $S patch GLUP $S:71 regenerate angles dihedrals segment WC$S { auto none pdb crystwat$S.pdb } coordpdb crystwat$S.pdb WC$S } segment I { pdb pot.pdb } coordpdb pot.pdb I segment WF { auto none pdb filtwat.pdb } coordpdb filtwat.pdb WF guesscoord writepdb kcsav.pdb writepdb kcsav.psf exit 接著在windows系統(tǒng)下，開啟VMD，把目錄設(shè)定在01-BUILD下 再輸入source buildpsf.tcl 即可產(chǎn)生kcsav.pdb及kcsav.psf |
2樓2011-08-28 21:13:28
3樓2011-08-28 22:29:22
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