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王營(yíng)wy新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
DGGE過(guò)程中兩條位置不同的條帶代表同一菌種現(xiàn)象
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| 各位做DGGE的前輩們，我在做DGGE時(shí)，同是嗜熱鏈球菌但來(lái)源不同，DGGE后出現(xiàn)的條帶在不同位置上，距離差異較大，但細(xì)菌通用引物F357GC/R518擴(kuò)增同一種菌的條帶位置理論上應(yīng)該一致，出現(xiàn)這種現(xiàn)象的原因都有哪些呢？是存在多個(gè)克隆子？還有？ |
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王營(yíng)wy2樓2011-07-21 08:55:26
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3樓2011-07-21 09:39:27
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| 理認(rèn)上DGGE，幾個(gè)堿基的區(qū)別就可以分開(kāi)，那樣的話(huà)，正常啊，你的不同的菌，序列不一樣不是正常的嗎？ |
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4樓2011-07-21 12:42:28
王營(yíng)wy
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5樓2011-07-25 08:33:17
lanhuaorchid
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【答案】應(yīng)助回帖
王營(yíng)wy(金幣+1): 謝謝，但DGGE只能對(duì)不同種進(jìn)行區(qū)分，同一種菌不同株在DGGE區(qū)分時(shí)按道理說(shuō)應(yīng)該是遷移位置一樣的��！ 2011-07-31 20:46:57
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這主要是關(guān)于DGGE的原理，DGGE是根據(jù)DNA在不同濃度的變性劑中解鏈行為的不同而導(dǎo)致電泳遷移率發(fā)生變化，從而將片段大小相同而堿基組成不同的DNA片段分開(kāi)。特定的雙鏈DNA片段在含有從低到高的線(xiàn)性變性劑梯度的聚丙烯酰胺凝膠中電泳，隨著電泳的進(jìn)行，DNA片段向高濃度變性劑方向遷移，當(dāng)它到達(dá)其變性要求的最低濃度變性劑處，雙鏈DNA形成部分解鏈狀態(tài)，這就導(dǎo)致其遷移速率變慢，由于這種變性具有序列特異性，因此DGGE能將同樣大小的DNA片段很理想地分開(kāi). 總之，DGGE就是將同樣大小的DNA片段分開(kāi)，你用細(xì)菌通用引物P完再跑核酸膠的話(huà)大小肯定一樣，但DGGE膠條帶位置肯定不同。 |
6樓2011-07-25 21:37:26
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