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小木蟲論壇-學(xué)術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 第一性原理 » MS » 下圖是怎么做的
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下圖是怎么做的
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請問下圖中charge是如何與能帶圖中的帶對應(yīng)起來的？怎么做局部的電荷��？在電荷密度圖上能看出來什么性質(zhì)�。� |
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【答案】應(yīng)助回帖
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franch(金幣+3): 謝謝回帖交流 2011-07-25 12:42:02
李佳佳佳(金幣+1): 2011-07-30 17:52:41
franch(金幣+3): 謝謝回帖交流 2011-07-25 12:42:02
李佳佳佳(金幣+1): 2011-07-30 17:52:41
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看說明書吧 里面有講的 給你中文的，轉(zhuǎn)載別人的http://hi.baidu.com/heyi87/blog/ ... 791e94b2b7dc89.html |
4樓2011-07-25 10:36:08
zhouqihanshu
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2樓2011-07-25 08:55:31
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jaymimi
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【答案】應(yīng)助回帖
franch(金幣+2): 謝謝回帖交流 2011-07-25 12:43:15
bingmou(金幣-2): 轉(zhuǎn)載請注明來源！而且轉(zhuǎn)載內(nèi)容與本貼無關(guān) 2011-07-26 09:00:00
李佳佳佳(金幣+1): 2011-07-30 17:53:04
bingmou(金幣-2): 轉(zhuǎn)載請注明來源！而且轉(zhuǎn)載內(nèi)容與本貼無關(guān) 2011-07-26 09:00:00
李佳佳佳(金幣+1): 2011-07-30 17:53:04
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如從上面的HF分子的σ鍵電子密度差圖Δρ，并參照MO系數(shù)來看,這個σ鍵可以分析為三個內(nèi)含： 第一、原子以基組形式參與成鍵，這基組或者可以看作是廣義的雜化。 對于成鍵來說，基組一方面是為了彌合不同AO的波形的差距，融合成平滑、完整、統(tǒng)一的MO，另一方面是為了應(yīng)對鍵間電子向鍵軸的聚集、收縮和原子之間的電子轉(zhuǎn)移。 基組不僅是計算需要的一組數(shù)學(xué)表達(dá)式，當(dāng)它們分配了系數(shù)、安排了電子，它就形成了一個新的廣義雜化的空間AO，是具有能級值或說是電負(fù)性的，是有確定物理意義的，它是成鍵電子的載體、基礎(chǔ)。 第二、電子在不同電負(fù)性原子之間轉(zhuǎn)移。 從HF分子Δρ圖可以清楚地看到，H缺失了大量的電子，導(dǎo)致電負(fù)性升高；F增加了大量的電子，導(dǎo)致電負(fù)性降低，直至二者電負(fù)性相等、均衡。 有趣的是，通常說sp雜化，用增大的一瓣去成鍵以增大重疊能力。但在HF中，MO的基組中s、p卻是反位相的雜化，即HF以縮小的一瓣去成鍵，而用增大的一瓣去裝轉(zhuǎn)移過來的過多電子，這轉(zhuǎn)移電子妥善安排在離鍵區(qū)遠(yuǎn)的外面集結(jié)。 第三、電子向鍵中間中移。 從HF分子Δρ圖看，在H和F之間也有明顯的電子聚集。這是人所共知的成鍵的關(guān)鍵表征。 此外，這種電子往鍵中間聚集、形成對二核的屏蔽加強(qiáng)，會減小原子核之間的排斥力，有利于降低體系的總體能量。 然而，所有上面這一些圖形功能，單從gs03 cube并不能直接、方便地得到。 對于G03來說，它的cubegen是能作density和Orbitals等的空間格點的。 但是它的density（ρ）只是全分子的，分子的所有MO的電子密度加和，還自然包含分子中的1S、2S軌道，用圖形展示出來是一個圓滾滾的樣子，很難說明什么，也不利作密度差。 我們常常需要考察的是分子成鍵的單個特定的MO（或者孤對電子MO等）。 而G03的cubegen不能作某個MO的ρ，將某個MO的cube輸入到cubman也不能作平方運算作成ρ，因為cubman缺少平方運算。 而且cubegen的空間數(shù)值格點輸出文件，是沒有坐標(biāo)的。它的坐標(biāo)隱含在輸出文件的開始部分：空間網(wǎng)格每個邊的格點數(shù)、空間格點的起始點、格點間隔。除了與其配套的軟件外，其它軟件很難用這個數(shù)據(jù)加工或作圖。 Sobereva 博士專門開發(fā)的gsgrid程序就是為解決上述問題制作的，它把格點文件的數(shù)據(jù)提取出來，附上每個數(shù)據(jù)點的坐標(biāo)。可以選取指定的XY/YZ/XZ平面，得到這個平面上的數(shù)據(jù)點以便做等值線圖（MO圖、ρ圖），或?qū)?shù)據(jù)進(jìn)行各種運算加工（作平方、作差值等），然后再作等值線圖（Δρ圖）。 gsgrid程序附有詳細(xì)的使用說明，一看就會。 而進(jìn)入高超的sigmaplot中作等值線，更是功能強(qiáng)大、得心應(yīng)手！ |
5樓2011-07-25 10:54:23
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