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[求助] 求教DGGE相關(guān)的基本問(wèn)題（做過(guò)的請(qǐng)指教）

我要分析海洋中獲得的微生物樣品中微生物的種類，里面可能有細(xì)菌、真菌、藻類等，想先做DGGE，請(qǐng)問(wèn)應(yīng)用什么引物，細(xì)菌16S的通用引物？還是真菌的ITS通用引物？還是兩者可以同時(shí)使用？“合成的引物最好在5‘端加上40個(gè)堿基左右的G-C串”這是什么意思，請(qǐng)舉例說(shuō)明一下什么是GC串？

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1樓 2011-08-11 14:07:38

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1949stone(金幣+1): 鼓勵(lì) 2011-08-11 18:11:00
dovekaoyan(金幣+1): 2011-08-12 09:27:40

我是做PCR的，如果你兩種引物都用，那就是雙重PCR了，而且，我沒(méi)見(jiàn)過(guò)雙重PCR與變性梯度凝膠電泳相結(jié)合的文獻(xiàn)，不過(guò)挺可行的。GC串應(yīng)該就是GC重復(fù)，這個(gè)還沒(méi)做過(guò)

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2樓2011-08-11 15:18:56

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西瓜(金幣+1): 鼓勵(lì)交流 2011-08-16 11:39:11
dovekaoyan(金幣+3): 2011-08-16 20:24:29

GC就是一段含GC的重復(fù)序列，一般很多文章里面都有，看看文章就知道了。我們真菌和細(xì)菌是分開(kāi)跑的，細(xì)菌跑的16s，真菌跑的ITS.

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3樓2011-08-16 10:10:42

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引用回帖:

3樓: Originally posted by zhangxianqin at 2011-08-16 10:10:42:
GC就是一段含GC的重復(fù)序列，一般很多文章里面都有，看看文章就知道了。我們真菌和細(xì)菌是分開(kāi)跑的，細(xì)菌跑的16s，真菌跑的ITS.

一般引物都是二十幾個(gè)bp,這里在5‘端就加40bp，感覺(jué)有點(diǎn)兒不可思議，請(qǐng)問(wèn)這樣沒(méi)關(guān)系嗎？

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4樓2011-08-16 20:24:17

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dovekaoyan(金幣+2): 謝謝 2011-08-17 09:21:06

引用回帖:

4樓: Originally posted by dovekaoyan at 2011-08-16 20:24:17:
一般引物都是二十幾個(gè)bp,這里在5‘端就加40bp，感覺(jué)有點(diǎn)兒不可思議，請(qǐng)問(wèn)這樣沒(méi)關(guān)系嗎？

要是沒(méi)有40bp，就不能跑DGGE了，就跟一般的沒(méi)什么區(qū)別了。
GC夾（GC clamp）就是在一側(cè)引物的5′端加上一個(gè)30~40bp的GC結(jié)構(gòu)，這樣在PCR產(chǎn)物的一側(cè)可產(chǎn)生一個(gè)高熔點(diǎn)區(qū)，其他部分就處在低溫解鏈區(qū)從而可以對(duì)其進(jìn)分析。

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5樓2011-08-17 09:10:20

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5樓: Originally posted by zhangxianqin at 2011-08-17 09:10:20:
要是沒(méi)有40bp，就不能跑DGGE了，就跟一般的沒(méi)什么區(qū)別了。
GC夾（GC clamp）就是在一側(cè)引物的5′端加上一個(gè)30~40bp的GC結(jié)構(gòu)，這樣在PCR產(chǎn)物的一側(cè)可產(chǎn)生一個(gè)高熔點(diǎn)區(qū)，其他部分就處在低溫解鏈區(qū)從而可以對(duì)其進(jìn)分 ...

您的意思是DGGE用的16S和18S的引物，比我們跑普通PCR的引物要長(zhǎng)嗎？

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6樓2011-08-17 09:22:36

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看看文獻(xiàn)就知道了。
DGGE引物就是普通的PCR引物的正向或反向引物的5端加了一個(gè)40bp的GC夾子

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7樓2011-08-17 09:26:22

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dovekaoyan(金幣+2): 謝謝 2011-08-25 08:35:33

引用回帖:

6樓: Originally posted by dovekaoyan at 2011-08-17 09:22:36:
您的意思是DGGE用的16S和18S的引物，比我們跑普通PCR的引物要長(zhǎng)嗎？

在正向或者反向上面加了GC夾板肯定要長(zhǎng)呀！
一般的PCR用不著這個(gè)吧！

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8樓2011-08-17 13:53:34

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請(qǐng)高手告訴下您的真菌ITS做DGGE的PCR引物序列好嗎？非常感謝。

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9樓2012-01-09 09:48:21

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