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haibo66878779金蟲 (小有名氣)
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[交流]
溶劑化模型 已有2人參與
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| 我也在算這方面的東西！這個(gè)方面比較耗費(fèi)時(shí)間的，不同的模型有時(shí)的收斂標(biāo)準(zhǔn)也是不一樣的，一般來說有以下幾個(gè)模型可以選擇，scipcm,pcm cpcm,iefpcm,根據(jù)自己的體系進(jìn)行選擇，我覺得至少應(yīng)該選擇兩個(gè)模型的，這樣具有一定的比較性！ |
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你好，我看到你研究溶劑化效應(yīng)的，所以向你請教個(gè)結(jié)果處理的問題 最近在計(jì)算溶劑化效應(yīng)對反應(yīng)自由能的影響過程中，不知道如何對輸出結(jié)果進(jìn)行處理，比如用pcm方法計(jì)算出的結(jié)果中有 Variational PCM results ======================= Total free energy in solution: with all non electrostatic terms (a.u.) = -5908.227220 還有最后的能量HF=-5908.3144423\RMSD= 2.354e-09\Thermal=0.\Dipole=1.1857381,-0.1096793,1.037488\PG=C01 [X(C8 1H94Fe1N1O7P1Si2)]\\@ 我的問題是，利用HF=-5908.3144423與氣相的各項(xiàng)校正相加（如Zero-point correction= 0.190187 (Hartree/Particle) Thermal correction to Energy= 0.210418 Thermal correction to Enthalpy= 0.211362 Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.140251 ）得到溶液中相應(yīng)的E,H,G，然后與起始反應(yīng)物（按同樣的方法計(jì)算能量）進(jìn)行比較呢？還是利用Total free energy in solution: with all non electrostatic terms (a.u.) = -5908.227220與氣相中的Gibbs自由能校正值(如Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.140251)相加，與起始反應(yīng)物相比較？ |
5樓2011-09-22 17:34:12
swustxxl
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gmy1990(金幣+2): 2011-08-14 19:54:49
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gmy1990(金幣+2): 2011-08-14 19:54:49
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LZ 小弟乃Gaussian初學(xué)者，目前在操作員水平 要優(yōu)化一個(gè)分子的分子立體結(jié)構(gòu)，考慮到實(shí)驗(yàn)中這個(gè)分子最終構(gòu)型產(chǎn)生于溶劑中（就是在溶劑中重結(jié)晶），所以優(yōu)化的時(shí)候覺著應(yīng)該加溶劑化，現(xiàn)在手里面的GaussianView有5個(gè)模型可以用（小弟現(xiàn)在只會用GaussianView來配置Gaussian輸入文件），分別是Default（這個(gè)意思好像是不用模型，姑且算一種吧，不太明白什么意思）、IEFPCM、SCI-PCM、CPCM、Cosmol/RC，4個(gè)基組+2種方法（B3LYP，B3PW91）+5個(gè)溶劑模型一共配置了40種算法方案。雖然現(xiàn)在還沒有全部跑完，但有規(guī)律可循，帶有SCI-PCM和Cosmol/RC的算法方案都EORRER結(jié)束，其他的都正常結(jié)束，不采用溶劑的構(gòu)型優(yōu)化方案都能算出結(jié)果說明確實(shí)是溶劑化模型導(dǎo)致了計(jì)算失敗。小弟想探究一下導(dǎo)致這種情況的原因，是這兩個(gè)模型不適合DFT（B3LYP，B3PW91）？還是不適合做構(gòu)型優(yōu)化？或者其他原因。網(wǎng)上資料不太好找，需要行家點(diǎn)撥一下。 [ Last edited by swustxxl on 2011-8-14 at 19:47 ] |
2樓2011-08-14 19:46:25
haibo66878779
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3樓2011-08-15 09:45:32
swustxxl
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我選的基組都比較小，6-31+G(d)，6-31+G(d,p)，6-31+G(2d,p)，6-31+G(3d,p)，有影響嗎？個(gè)人覺得沒什么影響。 這幾種溶劑模型有相關(guān)介紹嗎？難道它們就沒什么側(cè)重點(diǎn)，比如說哪種模型適合那種情況的模擬。 出現(xiàn)這種規(guī)律性情況，個(gè)人覺得應(yīng)該和這幾種模型的特點(diǎn)有關(guān)，有Gaussian03/09的說明書希望能傳一份，LZ可以上http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3460014這個(gè)網(wǎng)址留個(gè)言，我的帖子，方便答謝~~ |
4樓2011-08-15 20:52:32
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