版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號(hào)能夠正常使用，請(qǐng)盡快對(duì)帳號(hào)進(jìn)行手機(jī)號(hào)驗(yàn)證，感謝您的理解與支持！

24小時(shí)熱門版塊排行榜

返回列表

maad

木蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 6 (幼兒園)
金幣: 1649.2
散金: 769
紅花: 9
帖子: 245
在線: 470小時(shí)
蟲號(hào): 565636
注冊(cè): 2008-05-29
專業(yè): 膜生物化學(xué)與膜生物物理學(xué)

[求助] tip5p水分子與自定義原子的L-J參數(shù)構(gòu)造與壓力控制等問題

之前一直用NAMD，最近學(xué)gromac主要是為了重復(fù)一篇文章的模擬（Bilayer ice and alternate liquid phases of conﬁned water，JCP V119: 1694-1700,2003）http://jcp.aip.org/resource/1/jcpsa6/v119/i3/p1694_s1

這是一篇模擬常溫下，受限環(huán)境下水分子會(huì)結(jié)成冰的結(jié)構(gòu)，因?yàn)閚amd不支持tip5p的水模型，且原文用的也是gromacs，所以就想用gromacs重復(fù)一下。

所有的建模都是嚴(yán)格按照文章里來的，即，建了兩個(gè)正方形的板（面積約64 nm^^2)，先兩個(gè)板的間距約為0.8 nm（然后不斷變化該距離），中間放上tipi5p水分子。按照官方的一些指南和論壇的一些教程，模擬能夠正常運(yùn)行了，但是有一些問題弄不明白，特向大家請(qǐng)教。

1、力場(chǎng)設(shè)置問題
文章中對(duì)于水分子和板之間的L-J勢(shì)，用了自定義的O-W(板), H-W（板）參數(shù)【即，Sigma(Ow-W)=0.316, Sigma(Hw-W)=0.284 nm and Epsilon(Ow-W)=0.831, Epsilon(Hw-W)=0.415 KJ/moll】。檢查tip5p.itp文件發(fā)現(xiàn)tip5p的水模型必須與oplsaa力場(chǎng)相匹配，因此我打算自己按ffoplsaanb.itp格式建一個(gè).itp文件，并在nonbond_params處參數(shù)來定義板與水分子的L-J參數(shù)，但是在ffoplsaanb.itp文件中沒有找到這個(gè)選項(xiàng)，因此就不知道以什么格式進(jìn)行添加。我從另一個(gè)力場(chǎng)（ffG43a1）的ffG43a1nb.itp的文件中我找到了nonbond的選項(xiàng)，復(fù)制到我自己定義.itp文件中，并將該.itp文件Include到我的top文件中。新定義的參數(shù)如下，OW為水中的O，HW為水中的H，CJ就是我新定義的原子。

#define _FF_OPLS
;plsaa-based force field
;
[ defaults ]
; nbfunc       comb-rule    gen-pairs    fudgeLJ fudgeQQ
1             3             yes          0.5    0.5
; parameters are taken from the OPLS force field
[ atomtypes ]
; name    mass    charge ptype    sigma    eps
CJ 6    12.01100    0.000    A 3.55000e-01  2.92880e-01
opls_118 OW  8    15.99940    0.000    A 3.12000e-01  6.69440e-01
opls_119 HW  1    1.00800    0.000    A 0.00000e+00  0.00000e+00
opls_120 OL  0    0.00000    0.000    D 0.00000e+00  0.00000e+00

[ nonbond_params ]
;  i j func       c6          c12
opls_118 CJ 1 3.16000e-01  8.21000e-01
opls_119 CJ 1 2.84000e-01  0.45100e-01

這里有一個(gè)問題就是，C6和C12的單位是什么？因?yàn)閛plsaa力場(chǎng)描述L-J相互作用用的combination rule 3（如上），也就是說對(duì)于每一個(gè)原子類型給出的L-J的參數(shù)，分別就是sigma eps，單位就分別是nm 和 KJ/mol。  那么我上面自行添加的nonbone_param里的C6和C12的單位也是nm和KJ/mol嗎？（注，在ffG43a1中不是nm和KJ/mol，因?yàn)樗玫腸ombination rule 1）

2 壓力控制的問題（NPT）
文章中提到 the fist set of simulations is with lateral pressure coupling. 文章中做了很多組模擬，每一個(gè)模擬的板的間距都不一樣，但是壓力都是維持在1bar。我也想重復(fù)這個(gè)過程，壓力控制用了如下的設(shè)置，大家看是否正確？xy 方向?yàn)榘迤矫嫠诘姆较�，讓其自由壓縮，z方向垂直于板，相鄰的周期盒子間以真空層相隔。

; Pressure coupling
Pcoupl                = berendsen ;default berendsen
Pcoupltype             = semiisotropic ;default isotropic
; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
tau_p                   = 1
compressibility       = 1e-5 1e-15  ;default 4.5e-5
ref_p                   = 1.0 0
; Random seed for Andersen thermostat

模擬時(shí)發(fā)現(xiàn)一個(gè)問題就是，在有壓力控制時(shí)，對(duì)于稍大的間距，水分子無法充滿整個(gè)板的間隙；而對(duì)于比較小的間距，水分子又跑出了盒外進(jìn)入了相鄰盒子之間的真空層中，導(dǎo)致模擬中斷（推測(cè)是由于NVT系統(tǒng)導(dǎo)致的周期性盒子XY方向尺寸變大，超過了板的尺寸了，因?yàn)闊o法限制住水了）。這樣顯然是與文章中的不同的板間距下壓力相等相悖的。

我想請(qǐng)教各位我的壓力控制設(shè)置是否正確，且這樣的模型用什么樣的方式能實(shí)現(xiàn)不同的板間距下都能順利的控制住壓力
在一個(gè)相同的值？

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

304求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
材料工程專碩調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
一志愿天大材料與化工（085600）總分338 已經(jīng)有4人回復(fù)
085700資源與環(huán)境308求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
求材料調(diào)劑已經(jīng)有8人回復(fù)
294求調(diào)劑材料與化工專碩已經(jīng)有5人回復(fù)
一志愿華中科技大學(xué)，080502，354分求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
085410人工智能專碩317求調(diào)劑（0854都可以）已經(jīng)有3人回復(fù)
330求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)

» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)

1樓 2011-08-15 11:04:48

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

智能機(jī)器人

Robot (super robot)

我們都愛小木蟲

找到一些相關(guān)的精華帖子，希望有用哦~

matlab擬合擬均相動(dòng)力學(xué)參數(shù) 已經(jīng)有6人回復(fù)
castep 幾何優(yōu)化中的參數(shù)設(shè)置已經(jīng)有4人回復(fù)
量化：原子的結(jié)構(gòu)和性質(zhì) 已經(jīng)有142人回復(fù)
求助 Origin 自定義函數(shù)輸入問題已經(jīng)有4人回復(fù)
求InGaZnO4晶體的原子坐標(biāo) 已經(jīng)有3人回復(fù)
一維無限長(zhǎng)原子鏈哈密頓矩陣怎么表示？已經(jīng)有6人回復(fù)
剛做了原子力顯微鏡測(cè)試（AFM）不知道怎么作圖啊已經(jīng)有14人回復(fù)
多元合金的電子、原子層次的理論計(jì)算及應(yīng)用已經(jīng)有101人回復(fù)
對(duì)不同價(jià)態(tài)的原子如何設(shè)定DFT+U？已經(jīng)有6人回復(fù)
空間群pnam的結(jié)構(gòu)怎么建立��？總是出現(xiàn)很多原子，屬于高對(duì)稱性的吧？已經(jīng)有4人回復(fù)
MS單原子能量已經(jīng)有19人回復(fù)
MS計(jì)算直接取代原胞中原子的幾分之幾？已經(jīng)有4人回復(fù)
文獻(xiàn)中摻雜金屬原子的價(jià)態(tài)及確定方法有誤，是否值得給PRB寫篇comment? 已經(jīng)有12人回復(fù)
ZnO原胞原子數(shù) 已經(jīng)有8人回復(fù)
吉林大學(xué)原子所2012考研普物答案已經(jīng)有7人回復(fù)
氨基上剩余一個(gè)氫原子，如何用鹵代醚進(jìn)行取代？已經(jīng)有5人回復(fù)
HyperChem計(jì)算原子電荷分布已經(jīng)有6人回復(fù)

點(diǎn)擊這里搜索更多相關(guān)資源

科研從小木蟲開始，人人為我，我為人人

相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn) 我要訂閱樓主 maad 的主題更新