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石頭2726

新蟲(chóng) (初入文壇)

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[求助] Dmol計(jì)算FITC分子的optics總是內(nèi)存不夠

在服務(wù)器上算，服務(wù)器的物理內(nèi)存有100G，100多個(gè)核。
我用dmol優(yōu)化過(guò)自己畫(huà)的fitc后就用dmol跑它的optics，一開(kāi)始用40個(gè)核，最大限定10g內(nèi)存，結(jié)果監(jiān)測(cè)顯示太耗內(nèi)存了（100g內(nèi)存用光）崩了，改成40核，最大2g內(nèi)存，還是崩了。20核 1.5g還是崩。應(yīng)該不是硬件的問(wèn)題了吧，不知道應(yīng)該如何解決。fitc僅僅39個(gè)原子而已。

參數(shù)基本上是默認(rèn)的，見(jiàn)附件

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1樓 2011-08-15 11:39:40

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

uuv2010

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
franch(金幣+2): 謝謝回帖交流 2011-08-15 23:44:26
石頭2726(金幣+5): 謝謝回答 2011-08-19 09:28:10

dmol不必用太多的node進(jìn)行計(jì)算，4個(gè)node貌似是個(gè)比較好的選擇，好像dmol的并行效率不是很高。您可以試一試。

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回復(fù)此樓

2樓2011-08-15 19:36:56

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

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