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robert-xn銀蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
使用亞硫酸氫鈉測(cè)序法測(cè)試基因CpG甲基化
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| 各位仁兄，麻煩問(wèn)一下有人用亞硫酸氫鈉測(cè)序法測(cè)試過(guò)基因CpG甲基化么，因?yàn)橛脕喠蛩猁}處理的時(shí)候片段會(huì)斷裂，所以想問(wèn)問(wèn)它可以PCR的片段范圍一般是多少啊，可以達(dá)到600bp么？多謝了 |
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8樓2011-08-20 09:26:48
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
robert-xn(金幣+3): 認(rèn)真 2011-08-19 17:46:52
西瓜(金幣+5, MolEPI+1): Good！新蟲(chóng)很犀利！ 2011-08-19 18:37:34
robert-xn(金幣+3): 認(rèn)真 2011-08-19 17:46:52
西瓜(金幣+5, MolEPI+1): Good！新蟲(chóng)很犀利！ 2011-08-19 18:37:34
| 我一般選擇200~400bp，也有P整個(gè)CpG島的，但是效果沒(méi)有200~400bp好。因?yàn)閁產(chǎn)生太多的話，DNA不穩(wěn)定，建議200bp左右。你從組織中提的DNA，BSPCR之后，產(chǎn)量夠測(cè)序用么？我BSPCR之后，一般還要過(guò)表達(dá)下，才夠測(cè)序。 |
6樓2011-08-19 14:55:53
★ ★ ★
dhd997(金幣+3): 鼓勵(lì)交流 2011-08-21 09:12:12
dhd997(金幣+3): 鼓勵(lì)交流 2011-08-21 09:12:12
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市場(chǎng)上，現(xiàn)在比較流行的甲基化測(cè)序有焦磷酸測(cè)序，這個(gè)方法教昂貴，就是數(shù)據(jù)好看些，他給你的結(jié)果是甲基化的百分比。也就說(shuō)你樣品中甲基化的程度。 做甲基化的方法當(dāng)然很多了，包括甲基化芯片，這個(gè)方法沒(méi)有多大意思，費(fèi)用非常高，我做個(gè)一次，結(jié)果不理想，花了25000. 變性質(zhì)譜技術(shù)、HRM（高分辨溶解曲線)等、MSPCR和BSPCR技術(shù)等等。比較適合科研院所做的就是MSPCR和BSPCR，費(fèi)用比較低。當(dāng)然HRM方法也不錯(cuò)。 |
10樓2011-08-21 08:50:49
2樓2011-08-19 10:49:34
robert-xn
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3樓2011-08-19 10:59:59
4樓2011-08-19 12:21:04
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5樓2011-08-19 14:40:49
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7樓2011-08-19 17:46:33
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9樓2011-08-20 16:12:37
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