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Diamond中作未知晶向的直線
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Preface：記得很久以前，見(jiàn)過(guò)網(wǎng)友問(wèn)過(guò)過(guò)兩個(gè)原子中點(diǎn)與另外一個(gè)原子作一條直線，當(dāng)時(shí)沒(méi)能解決，現(xiàn)琢磨出來(lái)拿給大家共享，希望對(duì)大家有用。 這里拿赤鐵礦【Hematite：Fe2O3, trigonal, R -3 c (167)】作例子講解，見(jiàn)上圖，過(guò)紫色Fe原子（紫鐵）和藍(lán)色O原子（藍(lán)氧）中點(diǎn)與淡藍(lán)色Fe原子（淡藍(lán)鐵）作直線。 1，查看紫鐵和藍(lán)氧的晶體坐標(biāo)（Crystal coordination）分別為：1.00000, 0.00000, 0.35530和0.97266, 1/3, 0.08333。把鼠標(biāo)放置在原子上，會(huì)顯示出坐標(biāo)，或者點(diǎn)擊原子，右邊Properties處選擇Object info，下面有Crystal coordination。 2，則紫鐵和藍(lán)氧原子的中點(diǎn)坐標(biāo)為（中點(diǎn)坐標(biāo)公式，別告訴我不會(huì)）：0.98633, 0.166666667, 0.219315。這里盡量多保留小數(shù)點(diǎn)位數(shù)，這樣會(huì)更加準(zhǔn)確。 3，點(diǎn)擊Structure---Atomic Parameters---左邊的 Insert---Element中隨便輸入元素符號(hào)比如H；Symbol中填H1；Oxidation中1；S.O.F.中1，Attached不用管；Position不用管；X，Y，Z中分別填入上述坐標(biāo)值，Site不用管。OK。 4，測(cè)量紫鐵和藍(lán)氧的距離，得4.1172埃，點(diǎn)擊Build---Connectivity（或者直接點(diǎn)下面的帶問(wèn)號(hào)的圖標(biāo)），調(diào)節(jié)Fe和H的鍵合距離，點(diǎn)擊H+1 Fe+3一欄并在前面打鉤，調(diào)節(jié)下面的距離使兩條紅線分別居于2.0586埃兩側(cè)，并把其他的鉤都去掉，OK。 5，點(diǎn)擊紫鐵后，同時(shí)按Shift+Ctrl+S（或下面的Fill Coordination Spheres Directly），紫鐵鏈接了三個(gè)白色的H原子（添加的H原子會(huì)在晶胞中所有等效位置出現(xiàn)），其中紫鐵和藍(lán)氧中間的H就是二者的中點(diǎn)位置（測(cè)一下距離便知）。 6，點(diǎn)擊此H原子，按住Ctrl點(diǎn)擊淡藍(lán)鐵，Objects---Lines---Create Line Through Atoms，Ok，出現(xiàn)所要的直線了，至于多余的其他H原子刪除即可，這里只是為了做出這條直線而添加額外原子。 7，原則上，在任意可計(jì)算出坐標(biāo)的位置都能添加原子，因而能作想要的直線。 PS： i, 由于Diamond中坐標(biāo)均為有限位有效數(shù)字，所以作出的線會(huì)有稍微誤差，比如Fe-H-O角為179.999°而非180.000°。誤差為0.00055556%，呵呵。 ii, 此貼原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明！ [ Last edited by febnix on 2011-8-25 at 23:57 ] |
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