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jiaoyixiong

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專業(yè): 流體力學(xué)
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[求助] NAMD Pressure profile calculations

請教各位使用NAMD技術(shù)pressure profile 的問題，
NAMD的UG http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.8/ug/node70.html 這里介紹的腳本，我使用運行的時候得到的數(shù)據(jù)都是這樣的：
PPROFILENONBONDED: 260000 -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND
PRESSUREPROFILE: 260000 -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND

我的做法是先給定一個 SurfaceTensionTarget 運行50ns ,保存軌跡文件
然后使用UG提供的腳本運行計算得到Pressure profile

我這樣做是對的嗎？
還有個問題，在NAMD中如何設(shè)置 “area per phospholipid ”
我想要得到DPPC膜的 pressure-area isotherms ，謝謝各位。

感謝各位多多指教！

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1樓 2011-08-30 10:07:04

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