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identation

金蟲 (著名寫手)

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[求助] 請教，為什么會出現這樣的情況？謝謝大家

我在測試mesh cutoff的時候，一直很順利，mesh cutoff從200Ry一直增加到750ry，200到700ry的測試中都很順利完成了scf運算，但是當mesh cutoff增加到750ry時，出現了這樣的輸出情況

InitMesh: MESH = 80 x 80 x 80 =    512000
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) = 750.000 870.761 Ry

* Maximum dynamic memory allocated = 168 MB

stepf: Fermi-Dirac step function

siesta: Program's energy decomposition (eV):
siesta: Ebs    = -48733249.309373
siesta: Eions =    10539.985266
siesta: Ena    =*****************
siesta: Ekin =    5039.821056
siesta: Enl    =    -2320.791946
siesta: DEna =       -0.148201
siesta: DUscf =       0.000000
siesta: DUext =       0.000000
siesta: Exc    =    -1407.884017
siesta: eta*DQ  =       0.000000
siesta: Emadel  =       0.000000
siesta: Emeta =       0.000000
siesta: Emolmec =       0.000000
siesta: Ekinion =       0.000000
siesta: Eharris =*****************
siesta: Etot =*****************
siesta: FreeEng =*****************

siesta: iscf Eharris(eV)    E_KS(eV) FreeEng(eV) dDmax  Ef(eV)
siesta: 1******************************************390.3300********
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF       1 2189.282  98.32
elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF       1    327.087  98.11
siesta: 2******************************************  0.0553********
siesta: 3******************************************  0.0453********
siesta: 4******************************************  0.0027********
siesta: 5******************************************  0.0030********
siesta: 6******************************************  0.0009********
siesta: 7******************************************  0.0007********
siesta: 8******************************************  0.0003********
siesta: 9******************************************  0.0002********
siesta: 10******************************************  0.0002********
siesta: 11******************************************  0.0002********
siesta: 12******************************************  0.0002********
siesta: 13******************************************  0.0002********
siesta: 14******************************************  0.0001********
siesta: 15******************************************  0.0001********
siesta: 16******************************************  0.0002********
siesta: 17******************************************  0.0002********
siesta: 18******************************************  0.0002********
siesta: 19******************************************  0.0002********
siesta: 20******************************************  0.0002********
siesta: 21******************************************  0.0001********
請問是為什么呢？
我的輸入文件如下：

SystemName
SystemLabel
NumberOfAtoms    10
NumberOfSpecies    4

%block ChemicalSpeciesLabel
1  * * # Species index, atomic number, species label
2  * *
3  * *
4 * *
%endblock ChemicalSpeciesLabel

LatticeConstant 1.889727 Bohr
%block LatticeVectors
* * *
* * *
* * *
%endblock LatticeVectors

AtomicCoordinatesFormat  ScaledByLatticeVectors
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
* * * 1
* * * 1
* * *  2
* * * 3
  * * *  4
* * * 4
* * * 0  4
  * * * 4
  * * * 4
* * * 4
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
%block AtomicCoordinatesOrigin
  0.000 0.000 0.000
%endblock AtomicCoordinatesOrigin

PAO.BasisType split
PAO.SplitNorm 0.15
PAO.EnergyShift  0.01 Ry

%block PAO.Basis # Define Basis set
*  5    2.23376
n=5 0 1 E 75.06727    3.90515
   4.47365
   1.00000
n=6 0 2 E 71.19116    3.69937
   5.35635    4.45480
   1.00000    1.00000
n=5 1 1 E    9.59098    0.01349
   4.68524
   1.00000
n=6 1 1 E 87.28316    3.65766
   5.49527
   1.00000
n=5 2 1 E 14.20169    4.25960
   5.28396
   1.00000
* 5    2.25014
n=3 0 1 E    0.64399    2.65247
   3.03150
   1.00000
n=4 0 2 E 18.52214    3.13305
   4.15184    3.42190
   1.00000    1.00000
n=3 1 1 E    8.12894    2.27894
   3.02759
   1.00000
n=4 1 1 E 16.26911    2.00889
   4.26349
   1.00000
n=3 2 2 E 14.23042    3.38062
   3.78964    2.62819
   1.00000    1.00000
* 3    0.09
n=2 0 2 E    24.13    2.59
4.601 2.082
1.000 1.000
n=2 1 2 E    47.15    2.61
5.813 2.127
1.000 1.000
n=3 2 1 E    41.49    4.31
7.798
1.000
%endblock PAO.Basis

%block ProjectedDensityOfStates
-20.00 10.00 0.050 2000 eV
%endblock ProjectedDensityOfStates

MeshCutoff       750. Ry
FilterCutoff    750. Ry

ElectronicTemperature 0.001 eV
DM.MixingWeight       0.1
DM.NumberPulay       4
MaxSCFiterations    400
SCFMustConverge  .true.

WriteMullikenPop  1

COOP.Write .true.

SpinPolarized    yes
NonCollinearSpin  no

%block kgrid_Monkhorst_Pack
6  0  0  0.5
0  6  0  0.5
0  0  6  0.5
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

DM.UseSaveDM    yes

%block DM.InitSpin
*  +*    0. 0. # atom,spin,theta,phi (deg)
*  +* 0. 0.
%endblock DM.InitSpin
之前的計算中并無問題，請問怎么回事呢？謝謝

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1樓 2011-09-06 17:47:58

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【答案】應助回帖

identation(金幣+30): 2011-09-10 21:13:38

這個是因為這些打著星號的地方的數值超出了輸出字符格式輸出的寬度。你看看能量分解的那地方，打著星號的地方的數，然后看看這個數是不是隨著你的mesh cutoff的增大而增大。

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弘德明志博學篤行

2樓2011-09-06 19:10:07

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【答案】應助回帖

identation(金幣+20): 謝謝哈 2011-09-06 19:18:31

補充一下：我看到你的收斂輸出好像是一直走向收斂的。雖然輸出不正常了，但是數據在計算機內存里面是正常的，所以結果也是可信的。只不過如果你關心的數據恰好被打上了星號，那就無奈了。這個說明你關心的這個數據隨著你的mesh cutoff沒有一個收斂的趨勢。另外你要想讓輸出的這些星號變成數值，簡單的辦法就是到程序里面找到輸出這些數的代碼，然后把格式輸出的寬度增加就行。

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弘德明志博學篤行

3樓2011-09-06 19:13:34

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3樓: Originally posted by zhangguangping at 2011-09-06 19:13:34:
補充一下：我看到你的收斂輸出好像是一直走向收斂的。雖然輸出不正常了，但是數據在計算機內存里面是正常的，所以結果也是可信的。只不過如果你關心的數據恰好被打上了星號，那就無奈了。這個說明你關心的這個數據 ...

測試meshcutoff時，收斂標準是怎么樣的呢？Mesh cutoff大體上用多大數值呢？我的meshcutoff從600變到650RY，能量差大約是0.02eV，force和stress一般小數點后第三位開始變化那取mesh cutoff為600ry，結果可信么？謝謝您

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4樓2011-09-06 19:20:23

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zhangguangping

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引用回帖:

4樓: Originally posted by identation at 2011-09-06 19:20:23:
測試meshcutoff時，收斂標準是怎么樣的呢？Mesh cutoff大體上用多大數值呢？我的meshcutoff從600變到650RY，能量差大約是0.02eV，force和stress一般小數點后第三位開始變化那取mesh cutoff為600ry，結果可信么？ ...

收斂標準不是你自己定的嗎？
我看到好像你定義的是DM收斂1.d-4
0.0553
0.0453
0.0027
0.0030
0.0009
0.0007
0.0003
0.0002
0.0002
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0.0002
0.0001
0.0001
0.0002
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0.0002
0.0002
0.0002
0.0001
這個不就說明你的計算在走向收斂嗎？
如果你的能量差別在0.002eV的話，當取750Ry的時候，為什么能量出現了很大的數，導致超出了輸出長度呢？

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弘德明志博學篤行

5樓2011-09-06 20:13:22

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引用回帖:

5樓: Originally posted by zhangguangping at 2011-09-06 20:13:22:
收斂標準不是你自己定的嗎？
我看到好像你定義的是DM收斂1.d-4
0.0553
0.0453
0.0027
0.0030
0.0009
0.0007
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0.0002
0.0002
0.0002
...

我指的收斂是相對于mesh cutoff來講能量的收斂啊
另外
MeshCutoff 750. Ry
FilterCutoff 750. Ry

這里FilterCutoff 怎么指定呢？如果僅制定mesh cutoff，其余的用默認值可以么？
謝謝

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6樓2011-09-06 20:19:36

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★
uuv2010(金幣+1): 多謝提示 2011-09-06 22:46:07

引用回帖:

6樓: Originally posted by identation at 2011-09-06 20:19:36:
我指的收斂是相對于mesh cutoff來講能量的收斂啊
另外
MeshCutoff 750. Ry
FilterCutoff 750. Ry

這里FilterCutoff 怎么指定呢？如果僅制定mesh cutoff，其余的用默認值可以么？
謝謝

這個我不是很清楚。但是我看到手冊上說要是用了FilterCutoff，并且跟著改變的話，就不要嘗試著做mesh cutoff的收斂測試。你正是做的這個測試。
所以看看手冊。把這個Filter的去掉或者固定一個值。

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7樓2011-09-06 22:02:04

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