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yshl7237銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
Linux 系統(tǒng) DMol提交任務(wù)
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下面是我在網(wǎng)上找的關(guān)于如何提交DMol任務(wù)的。但我有個疑問，不用把贗勢文件找到拷貝進(jìn)去嗎？因?yàn)槲铱碿astep提交任務(wù)時(shí)，有一步是找贗勢文件考到里面。 在win下面用ms建好 .input 文件，把分子的構(gòu)型文件另存為 .car文件，在生成car文件的同時(shí)還會有一個mdf文件，把這三個文件拷到linux下面，我是放到了RunDMol3.sh所在的目錄，就是 /Accelrys/MaterialsStudio44/etc/DMol3/bin 然后運(yùn)行（假設(shè)input文件名是：abc.input，其他文件的名字都要跟這個一樣） RunDMol3.sh abc.input 或者 RunDMol3.sh abc 就ok了，如果要并行的話(假設(shè)cpu是4核的)， RunDMol3.sh -np 4 abc 就可以了 |
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zzy870720z
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2樓2011-09-09 18:13:57
lonewolf659
銅蟲 (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
★
youzhizhe(金幣+1): 謝謝交流。 2011-09-10 17:49:54
youzhizhe(金幣+1): 謝謝交流。 2011-09-10 17:49:54
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如區(qū)長所說，DMol使用數(shù)值機(jī)組，不用贗勢。但是用腳本直接運(yùn)行DMol3作業(yè)還是需要指定一些環(huán)境變量的。具體的內(nèi)容可以參考MS的Help里DMol3的Running DMol3 in standalone mode。 When running jobs on computers equipped with a queueing system it may be necessary to define certain environment variables which DMol3 is using: DMOL_TMP - directory where DMol3 will store large temporary files during calculation. By default it is /var/tmp on Linux and C:\TEMP on Windows. DMOL3_DATA - directory containing DMol3 runtime files, for example BASFILE, AREP, DSPP etc. The default location is share/Resources/Quantum/DMol3. |
3樓2011-09-10 17:21:58
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