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xk6891至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[交流]
CPMD跨節(jié)點(diǎn)測(cè)試討論 已有3人參與
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由于計(jì)算體系比較大，進(jìn)行了一次跨節(jié)點(diǎn)測(cè)試，結(jié)果如下： _________________________________________________________________________________ Package :CPMD-3.13.2 Atoms :28 Steps :100 cpu name : Intel(R) Xeon(R) CPU E5620 @ 2.40GHz cpu MHz : 1600.000 cache size : 12288 KB Task :Molecular Dynamics(By xk6891 @9.10.2011) Processors CPU_total Time Elapsed_total Time Peak Memory CPU_step Time CPU/Elapsed_total (node*pro) (s) (s) (Mb) (s) (%) 1*1(1) 370.50 387.55 256.6 7.6315 95.60 1*2(2) 171.49 179.12 133.5 3.5349 95.74 1*3(3) 164.16 170.10 93.9 3.3532 96.51 1*4(4) 113.98 118.80 72.6 2.3430 95.94 1*5(5) 127.91 132.26 61.0 2.6110 96.71 1*6(6) 95.05 100.11 51.3 1.9683 94.95 1*7(7) 108.05 112.10 45.6 2.2114 96.39 1*8(8) 93.11 100.63 42.3 1.9781 92.53 3*4(12) 54.30 206.41 31.7 4.0891 26.31 2*8(16) 63.88 272.85 27.6 5.3826 23.41 3*8(24) 32.05 281.70 22.3 5.5381 11.38 _______________________________________________________________________________ 這里的CPU time和Elapsed time來(lái)自每次計(jì)算后的Time中的值，應(yīng)當(dāng)分別代表是CPU計(jì)算時(shí)間和總的消耗時(shí)間吧。后面三個(gè)的跨節(jié)點(diǎn)運(yùn)算效率極低，這是為什么呢？節(jié)點(diǎn)間的通信效率太低，還是腳本寫(xiě)的問(wèn)題？ |
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ghcacj(金幣+4): 謝謝 2011-09-16 13:10:51
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
ghcacj(金幣+4): 謝謝 2011-09-16 13:10:51
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用了11個(gè)核，跨了3個(gè)節(jié)點(diǎn)？ 跨節(jié)點(diǎn)主要是通信效率低吧。Wei老師那一臺(tái)深騰好像節(jié)點(diǎn)間通信有問(wèn)題。不像是千兆網(wǎng)。所以要盡量用一個(gè)節(jié)點(diǎn)，8個(gè)核，我覺(jué)得跑100個(gè)原子的體系，平均2-3天應(yīng)該能跑一個(gè)皮秒。跑20個(gè)皮秒的話，一個(gè)月左右。 要更快的話，看能不能用上海的超算中心。至少32個(gè)核跑。基本上一個(gè)星期能跑一個(gè)20皮秒左右的結(jié)果出來(lái)。時(shí)間耗不起啊。 |
2樓2011-09-16 06:37:59
xk6891
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5樓2014-11-04 14:17:12
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