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speio金蟲 (小有名氣)
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[求助]
求助ms計(jì)算天冬氨酸的晶格能，100金幣送上
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| 哪一位高手幫忙指出使用ms計(jì)算天冬氨酸晶格能（lattice energy）的方法？說出詳細(xì)的步驟，不要籠統(tǒng)的方法。以及怎樣計(jì)算天冬氨酸的實(shí)驗(yàn)晶格能。真心求助100個(gè)金幣送上 |
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coella
木蟲 (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
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賀儀(金幣+2): 要是能寫一篇教程，可以設(shè)置為資源供大家學(xué)習(xí)，這樣也會(huì)給你增加很多金幣 2011-09-14 14:04:28
speio(金幣+50): 很好，但是具體的計(jì)算步驟還是不是非常的清楚。希望說的明白一點(diǎn)，還有實(shí)驗(yàn)報(bào)道的值是查文獻(xiàn)嗎 2011-09-14 16:07:09
賀儀(金幣+2): 要是能寫一篇教程，可以設(shè)置為資源供大家學(xué)習(xí)，這樣也會(huì)給你增加很多金幣 2011-09-14 14:04:28
speio(金幣+50): 很好，但是具體的計(jì)算步驟還是不是非常的清楚。希望說的明白一點(diǎn)，還有實(shí)驗(yàn)報(bào)道的值是查文獻(xiàn)嗎 2011-09-14 16:07:09
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我計(jì)算過一種氨基酸的晶格能，采用力場(chǎng)的方式，大致跟你說下我的作法吧 首先找到天冬氨酸的晶胞結(jié)構(gòu)，ccdc里面應(yīng)該有 根據(jù)晶格能的定義，計(jì)算晶體分子從氣態(tài)凝聚為晶態(tài)時(shí)的能量差，這其中還涉及到分子的質(zhì)子傳遞能 最重要的是選擇力場(chǎng)，我是嘗試不同的力場(chǎng)，建立能夠使所有非鍵結(jié)能量收斂的新的周期性晶體盒子，之后計(jì)算能量，必要的話要先優(yōu)化結(jié)構(gòu)，晶體庫(kù)解析出來(lái)的結(jié)構(gòu)未必完整，將這個(gè)能量減去每個(gè)單獨(dú)分自身具有的能量，再考慮進(jìn)質(zhì)子傳遞能，得到結(jié)果。我算出來(lái)和實(shí)驗(yàn)報(bào)道的值出入不算大。 不知道對(duì)你是否有幫助！ |
2樓2011-09-14 10:57:01
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