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molly20123832新蟲 (初入文壇)
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[求助]
建系統(tǒng)發(fā)育樹時(shí)怎么樣才能調(diào)高bootstrap值�。克徒饚� 已有2人參與
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我在建系統(tǒng)發(fā)育樹時(shí)，先是在ncbi上通過(guò)blast找到相似度在96%-99%的序列，然后編輯好后用bioedit切頭切尾，再用mega4進(jìn)行建樹，用的是NJ法，可是為什么建好的樹置信度那么低呢，有些只有30多？還有就是寫文章時(shí)用的圖是original tree 還是bootstrap consensus tree？求高人指點(diǎn)~不要說(shuō)寫理論的（像我在百度搜了好多次都是擺一大堆道理，沒實(shí)際指導(dǎo)），圖下 |
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【答案】應(yīng)助回帖
| Bootstrap的值與序列長(zhǎng)度關(guān)系倒不是很大，主要和選的序列多少有關(guān)，選的序列越多，做出來(lái)的進(jìn)化樹越穩(wěn)定，可信度就越高，相應(yīng)地bootstrap值自然就上去了。無(wú)論用MEGA4還是MEGA5建樹，建議把bootstrap值參數(shù)設(shè)為1000. 另外除了在NCBI上比對(duì)，同時(shí)也建議在EzBiocloud (以前叫EzTaxon)網(wǎng)站上比對(duì)，這個(gè)網(wǎng)站收錄的都是標(biāo)準(zhǔn)菌株，比對(duì)完了以后可以選序列相似度在前30或前50的，或者自己根據(jù)需要選擇某個(gè)值，比如94%以上的做進(jìn)化樹，再加一個(gè)親緣關(guān)系比較遠(yuǎn)作為outgroup. 除了NJ樹以外，MP樹和ML樹同時(shí)也做一下，最后比較一下三種樹拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)是否穩(wěn)定一致。發(fā)文章要用bootstrap consensus tree�？傊粋�(gè)好的進(jìn)化樹要經(jīng)過(guò)多次嘗試，加油！ |
33樓2014-06-22 22:22:03
xinongfish
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9樓2011-09-20 09:14:50
10樓2011-09-23 22:02:28
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