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dummy1木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
discover跑有機(jī)晶體的MD，分子散掉的問(wèn)題
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大家好，我在用discover模塊進(jìn)行有機(jī)晶體模擬的時(shí)候，跑一段時(shí)間分子就亂七八糟的了是怎么回事�。勘热缯f(shuō)我從晶體庫(kù)取出來(lái)的晶體，建立超包（超包設(shè)成P1點(diǎn)群，單包對(duì)稱性比較高）后從一個(gè)方向上所有的pi共軛分子都是平行的，但是我在MD一段時(shí)間后所有的分子都錯(cuò)位了，變的雜亂無(wú)章，在具體作的時(shí)候non-bond中vdw和庫(kù)侖都是用的ewald方法，用的力場(chǎng)是compass力場(chǎng)（好像別的力場(chǎng)也存在同樣的問(wèn)題。。。）。哪位高手幫幫忙阿。搞了好久了也沒(méi)有弄明白。 [ Last edited by dummy1 on 2011-9-20 at 10:58 ] |
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