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shuzhen

新蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 藥物化學(xué)

[求助] MVD求助

不知道哪位大神有沒有MVD的簡易的操作說明啊。最近在用MVD做分子對(duì)接，第一次接觸這個(gè)軟件，之前有用過sybyl，但是用MVD遇到了一些問題想不明白：
1 MVD可以輸出多個(gè)pose，也就是代表多個(gè)結(jié)合方式，那豈不是就隨便想要哪個(gè)結(jié)合方式都可以嗎？記得sybyl就只有一個(gè)輸出結(jié)果。
2 sybyl中是先對(duì)小分子進(jìn)行優(yōu)化，能量最低化之后的構(gòu)象就固定了，但是MVD中對(duì)小分子的制備中沒有能量最小化這個(gè)吧，而且在與受體結(jié)合的時(shí)候小分子的構(gòu)象是可以變化的，所以可以得到很多結(jié)合方式，在選擇時(shí)是按照rerank score的大小來確定那個(gè)中結(jié)合方式更好嗎？

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1樓 2011-09-21 17:02:41

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