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astringent銅蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
有關(guān)constraint的使用
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初學(xué)動(dòng)力學(xué)模擬，我再看用戶手冊(cè)時(shí)，看到contraint，十分不解。比如說(shuō)我進(jìn)行水環(huán)境中DNA的模擬，如果我對(duì)某些鍵長(zhǎng)使用constraint，這樣和無(wú)任何限制的動(dòng)力學(xué)模擬結(jié)果不同啊，如果我對(duì)DNA整個(gè)結(jié)構(gòu)進(jìn)行限制，優(yōu)化水分子的構(gòu)型，這樣得到的整個(gè)體系的結(jié)構(gòu)是最佳結(jié)構(gòu)嗎？這個(gè)結(jié)構(gòu)和我直接模擬（沒(méi)有任何限制）得到的結(jié)構(gòu)能一樣嗎？ 請(qǐng)大家指點(diǎn)，多謝 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-10-08 11:05:20
御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-10-08 11:05:20
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加限制和不加限制得到得到結(jié)構(gòu)肯定不一樣，具體的區(qū)別，你做的兩種結(jié)果比較一下就之道了，以初始結(jié)構(gòu)為參照計(jì)算一下RMSD看看。 另外你看看官網(wǎng)上的教程http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial4/ [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
2樓2011-10-07 00:13:32
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