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[求助]
求助受體準(zhǔn)備過(guò)程中遇見(jiàn)的問(wèn)題, 非常感謝!
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看了一篇碩士論文，論文上關(guān)于PDB文件內(nèi)容這樣描述： PDB編號(hào)分別為 2BDY，該晶體結(jié)構(gòu)中有如下基的側(cè)鏈原子缺失:Lyss3s，Agr542，Phe845，。。。。。。， 在Sybyl6。9 中讀入2BDY.PDB, 刪除水分子, 為受體添加極性H, 并加載AMBER95 全原子電荷, 然后優(yōu)化所添加的H原子, 固定所有重原子, 用最陡下降法, 能量收斂到10Kcal/mol. 最大疊代次數(shù)106，進(jìn)行分子力學(xué)優(yōu)化，使用Amber力場(chǎng), 使用當(dāng)前電荷。然后用共扼梯度法，能量收斂到 0.1kcal/mol, 然后為缺失側(cè)鏈的11個(gè)殘基添加側(cè)鏈并優(yōu)化. 請(qǐng)問(wèn): 1. 如何看側(cè)鏈原子缺失? 2. 讀入PDB以后, 要?jiǎng)h除的部分是不是包括水分子, 金屬離子還有配體? 3. 如何加載AMBER95 全原子電荷, 然后優(yōu)化所添加的H原子? 剛接觸這個(gè)領(lǐng)域, 希望大家多多幫助,非常感謝! |
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