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[資源]
用Material Studio構(gòu)建表面模型（zz）
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Material Studio是一款功能強(qiáng)大的軟件，其功能當(dāng)然不僅僅限于構(gòu)造模型。在這里，我們就牛刀小試，用Material Studio來構(gòu)建我們所感興趣的吸附表面。最簡(jiǎn)單的(111)或者(100)面比較容易，但是稍微復(fù)雜點(diǎn)的，比如(110)面的構(gòu)造如果是手工就要稍花力氣。而Material Studio這套軟件可以輕易的構(gòu)造大多數(shù)晶體的任意切面。我們以構(gòu)造Pt(110)表面為例，主要過程如下： 第一, import 一個(gè)晶格體系,在structure目錄里可以選擇metal/pure-metal,找到Pt的晶格文件.倒入后，我們可以看到Pt是fcc密堆結(jié)構(gòu)。 第二, 選擇build->cleave surface . 然后在cleave plane對(duì)話框里設(shè)定需要解理的晶面指數(shù), 這里我們選擇1 1 0。 第三, 選擇layer 的厚度, 就在depth里選擇 fraction,也就是重復(fù)的晶面數(shù),注意這里不是周期數(shù)。如果是三層的 在depth里設(shè)定6就好了。沒有把握的話,可以隨便設(shè)定一定depth值,cleave之后還可以根據(jù)厚度來recleave. 第四, 同樣在build->crystal選項(xiàng)里選擇bulid->vacuum slab 設(shè)定真空層厚度。在這里，我們?cè)O(shè)定真空層厚度為10A。 到這里就差不多已經(jīng)搞定Pt(110)表面的構(gòu)筑了。構(gòu)造完的Pt(110)表面如下圖所示 最后，我們可以用File$\rightarrow$Export菜單把它導(dǎo)出成cif或者pdb文件。以pdb文件為例，以下是導(dǎo)出的pdb文件 REMARK Materials Studio PDB file REMARK Created: Sat Oct 21 06:15:00 Pacific Standard Time 2006 CRYST1 3.924 2.775 25.260 90.00 90.00 90.00 P1 ATOM 1 PT1 MOL 2 -7.848 -11.772 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 2 PT1 MOL 2 -7.848 -7.848 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 3 PT1 MOL 2 -3.924 -7.848 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 4 PT1 MOL 2 -3.924 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 5 PT1 MOL 2 0.000 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 6 PT1 MOL 2 0.000 0.000 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 7 PT1 MOL 2 -7.848 -9.810 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 8 PT1 MOL 2 -3.924 -5.886 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 9 PT1 MOL 2 0.000 -1.962 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 10 PT1 MOL 2 -9.810 -11.772 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 11 PT1 MOL 2 -5.886 -7.848 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 12 PT1 MOL 2 -1.962 -3.924 1.962 1.00 0.00 Pt TER 可見，文件中從第6列到第8列的坐標(biāo)即為相應(yīng)的Pt的直角坐標(biāo)，而第三行中的內(nèi)容分別是基矢的長度和相對(duì)的夾角。有了這些信息，我們就可以非常容易的將Pt的結(jié)構(gòu)信息用到VASP等其他程序的輸入文件中。 Material Studio是一款功能強(qiáng)大的軟件，其功能當(dāng)然不僅僅限于構(gòu)造模型。在這里，我們就牛刀小試，用Material Studio來構(gòu)建我們所感興趣的吸附表面。最簡(jiǎn)單的(111)或者(100)面比較容易，但是稍微復(fù)雜點(diǎn)的，比如(110)面的構(gòu)造如果是手工就要稍花力氣。而Material Studio這套軟件可以輕易的構(gòu)造大多數(shù)晶體的任意切面。我們以構(gòu)造Pt(110)表面為例，主要過程如下： 第一, import 一個(gè)晶格體系,在structure目錄里可以選擇metal/pure-metal,找到Pt的晶格文件.倒入后，我們可以看到Pt是fcc密堆結(jié)構(gòu)。 第二, 選擇build->cleave surface . 然后在cleave plane對(duì)話框里設(shè)定需要解理的晶面指數(shù), 這里我們選擇1 1 0。 第三, 選擇layer 的厚度, 就在depth里選擇 fraction,也就是重復(fù)的晶面數(shù),注意這里不是周期數(shù)。如果是三層的 在depth里設(shè)定6就好了。沒有把握的話,可以隨便設(shè)定一定depth值,cleave之后還可以根據(jù)厚度來recleave. 第四, 同樣在build->crystal選項(xiàng)里選擇bulid->vacuum slab 設(shè)定真空層厚度。在這里，我們?cè)O(shè)定真空層厚度為10A。 到這里就差不多已經(jīng)搞定Pt(110)表面的構(gòu)筑了。構(gòu)造完的Pt(110)表面如下圖所示 最后，我們可以用File$\rightarrow$Export菜單把它導(dǎo)出成cif或者pdb文件。以pdb文件為例，以下是導(dǎo)出的pdb文件 REMARK Materials Studio PDB file REMARK Created: Sat Oct 21 06:15:00 Pacific Standard Time 2006 CRYST1 3.924 2.775 25.260 90.00 90.00 90.00 P1 ATOM 1 PT1 MOL 2 -7.848 -11.772 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 2 PT1 MOL 2 -7.848 -7.848 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 3 PT1 MOL 2 -3.924 -7.848 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 4 PT1 MOL 2 -3.924 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 5 PT1 MOL 2 0.000 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 6 PT1 MOL 2 0.000 0.000 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 7 PT1 MOL 2 -7.848 -9.810 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 8 PT1 MOL 2 -3.924 -5.886 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 9 PT1 MOL 2 0.000 -1.962 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 10 PT1 MOL 2 -9.810 -11.772 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 11 PT1 MOL 2 -5.886 -7.848 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 12 PT1 MOL 2 -1.962 -3.924 1.962 1.00 0.00 Pt TER 可見，文件中從第6列到第8列的坐標(biāo)即為相應(yīng)的Pt的直角坐標(biāo)，而第三行中的內(nèi)容分別是基矢的長度和相對(duì)的夾角。有了這些信息，我們就可以非常容易的將Pt的結(jié)構(gòu)信息用到VASP等其他程序的輸入文件中。 |
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