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各位大俠，幫忙看看小弟的nwchem為啥編譯不出 已有1人參與
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各位大俠幫忙看看： 我用的編譯器是ifort,icc 系統(tǒng)是 rhel5.4-x86-64 bashrc下掛的是ifort icc impi mkl。 采用的nwchem-6.0，額外安裝了gotoblas-1.13&lapack-3.31，均沒在bashrc下掛，兩者安裝生成的*.a,*.so均拷貝到/usr/lib64 之前編譯siesta和abinit都過了，但是編譯nwchem就趴了。 export TCGRSH=/usr/bin/ssh export LARGE_FILES=TRUE export LIB_DEFINES="-DDFLT_TOT_MEM=524111744" export NWCHEM_TOP=/home/Admin/nwchem-6.0 export NWCHEM_TARGET=LINUX64 export NWCHEM_TARGET_CPU=x86_64 export NWCHEM_MODULES=all export USE_MPI=y #export USE_MPIF=n export HAS_BLAS=yes export BLASOPT="-L/usr/lib64 -llapack -lgoto2" # Intel MPI export MPI_LOC=/software/intel/impi/3.2.1.009 export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib64 export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include64 export LIBMPI="-lmpigf -lmpigi -lmpi_ilp64 -lmpi" make realclean make nwchem_config make FC=ifort CC=icc >& make.log 以上是仿照我們老師的腳本寫的configure.sh 之后出現(xiàn)了如下錯誤： makelog的最后兩行出現(xiàn)了： /home/Admin/nwchem-6.0/bin/LINUX64_x86_64/nwchem: hidden symbol `__svml_log2' in /software/intel/Compiler/11.1/038/lib/intel64/libsvml.a(svml_stub_dln2.o) is referenced by DSO ld: final link failed: Nonrepresentable section on output make: *** [all] 錯誤 1 額外檢查前面的內(nèi)容出現(xiàn)warning: warning: -jN forced in submake: disabling jobserver mode. make CC=icc FC=ifort clean make[2]: warning: -jN forced in submake: disabling jobserver mode. for dir in ma global tcgmsg-mpi LinAlg/lapack+blas tcgmsg armci/src pario; do make CC=icc FC=ifort -C $dir clean || exit 1 ; done make[3]: warning: -jN forced in submake: disabling jobserver mode. /bin/rm -f *.o *.p *core *stamp *trace *.x *events* *.x *.o /bin/rm -rf ./obj *.obj *.exe if [ -f ../lib/LINUX64/libma.a ] 這樣一些類似的錯誤。我把make改成了txt.各位大俠麻煩看看這是啥毛病。 小弟在此謝過。 |
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2樓2011-10-15 16:58:07
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
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你好像沒有刷新mkl吧，所以加載庫時出問題了； 下面是我根據(jù)coolrainbow專家在網(wǎng)上寫的博客以及網(wǎng)上的一些資料改編的腳本（用ifort,icc,impi,mkl編譯)： #!/bin/csh # Author: wuy # This script is used for compiling NWChem # Basic configuration # WARNING￡oModify the memsize for your own machine￡¡￡¡￡¡ setenv LARGE_FILES TRUE setenv LIB_DEFINES -DDFLT_TOT_MEM=260609088 # Remote communication # If you do not use MPICH, comment them, else modify the MPI_LOC for your machine setenv USE_MPI y setenv USE_MPIF y setenv MPI_LOC /opt/intel/impi/4.0.0.027 setenv MPI_LIB $MPI_LOC/lib64 setenv MPI_INCLUDE $MPI_LOC/include64 setenv LIBMPI "-lmpigf -lmpigi -lmpi_ilp64 -lmpi" # Code tree setenv NWCHEM_TOP /share/apps/nwchem/intel/nwchem-6.0 # Platform setenv NWCHEM_TARGET LINUX64 # Python configuration # If you do not use PYTHON, comment them. #setenv PYTHONHOME /usr #setenv PYTHONVERSION 2.4 # Blas configuration # This is related to your own machine. Here I have used MKL Blas. If you do not have any own Blas, comment all setenv MKLLIB /opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t setenv MKLINC /opt/intel/mkl/10.2.5.035/include setenv BLASOPT "-L${MKLLIB} -lguide -lmkl_lapack -lmkl_core -lmkl_sequential -lsvml" # What will be compiled setenv NWCHEM_MODULES "all" # Starting... # Set your own complier setenv FC /opt/intel/Compiler/11.1/072/bin/intel64/ifort setenv CC /opt/intel/Compiler/11.1/072/bin/intel64/icc setenv FOPTIMIZE "-O3 -xSSE2,SSE3,SSSE3,SSE4.1,SSE4.2 -no-prec-div -funroll-loops -multiple-processes=8 -unroll-aggressive" setenv COPTIMIZE "-O3 -xSSE2,SSE3,SSSE3,SSE4.1,SSE4.2 -no-prec-div -funroll-loops" make FC=ifort CC=icc 把上面的腳本寫在compile_nwchem.sh里(根據(jù)你自己系統(tǒng)的環(huán)境自己再改改），把compile_nwchem.sh放進(jìn)要編譯程序目錄的src文件夾里 chmod 750 compile_nwchem.sh ./compile_nwchem.sh &> make.log & 希望對你有用！ |
3樓2011-10-18 08:54:33
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