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sobereva

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zhou2009(金幣+2): 2011-10-18 14:05:31

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20樓: Originally posted by 賀儀 at 2011-10-18 10:08:48:
你好！我看了你的網(wǎng)頁(yè)http://multiwfn.codeplex.com/，下載了A brief introduction to Multiwfn 1.6.ppt在其中看到了你們的一個(gè)例子
Example: NH3 fragment component in all MOs of NH3BF3 molecul ...

程序手冊(cè)里有實(shí)例

“這里的各個(gè)基函數(shù)是各原子的1s，2p等等的吧？”
對(duì)于極小基可以這么認(rèn)為。而對(duì)于擴(kuò)展基，基函數(shù)和原子軌道（1s, 2p之類)之間沒(méi)有完整的一一對(duì)應(yīng)關(guān)系。

“這里面一次計(jì)算是把兩個(gè)分子提取出來(lái)分別計(jì)算一次能量？然后怎么得到兩體的HUOMO組合系數(shù)？“
對(duì)，分別計(jì)算。用pop=full就會(huì)輸出組合系數(shù)。

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21樓2011-10-18 13:31:52

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賀儀

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引用回帖:

21樓: Originally posted by sobereva at 2011-10-18 13:31:52:
程序手冊(cè)里有實(shí)例

“這里的各個(gè)基函數(shù)是各原子的1s，2p等等的吧？”
對(duì)于極小基可以這么認(rèn)為。而對(duì)于擴(kuò)展基，基函數(shù)和原子軌道（1s, 2p之類)之間沒(méi)有完整的一一對(duì)應(yīng)關(guān)系。

“這里面一次計(jì)算是把兩個(gè)分子 ...

例子只有一個(gè)輸出文件NH3BF3.out，沒(méi)有相應(yīng)的輸入文件。

另外這個(gè)問(wèn)題還是沒(méi)明白怎么弄：
“這里面一次計(jì)算是把兩個(gè)分子提取出來(lái)分別計(jì)算一次能量？然后怎么得到兩體的HOMO組合系數(shù)？“
對(duì)，分別計(jì)算。用pop=full就會(huì)輸出組合系數(shù)。

加入pop=full分別計(jì)算一次能量嗎？那出現(xiàn)的是每個(gè)分子的組合系數(shù)呀，還是不知道怎么產(chǎn)生兩個(gè)分子HOMO的組合系數(shù)，你那個(gè)說(shuō)明書跟你的軟件不一致，你的說(shuō)明說(shuō)是1.6版的但是你的軟件列表里面沒(méi)有

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22樓2011-10-18 14:03:31

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

19樓: Originally posted by 賀儀 at 2011-10-18 09:16:43:
這些需要自己寫程序計(jì)算嗎？不需要的話有什么軟件可以實(shí)現(xiàn)？

不需要自己寫程序計(jì)算。

用GS計(jì)算分子AB的wfn，然后在multiwfn進(jìn)行運(yùn)算，只選擇如AB的HOMO，分別計(jì)算ρAB、ρa(bǔ)、ρB，作Δρ=ρAB-ρa(bǔ)-ρB即可。這樣可以得到A、B之間的重疊布居Δρ，而且是定量的數(shù)據(jù)。還可以對(duì)Δρ作圖，從圖形觀察重疊布居Δρ的形象，來(lái)分析A、B之間作用的性質(zhì)。

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23樓2011-10-18 14:23:20

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zhou2009(金幣+2): 2011-10-18 16:23:16

引用回帖:

22樓: Originally posted by 賀儀 at 2011-10-18 14:03:31:
例子只有一個(gè)輸出文件NH3BF3.out，沒(méi)有相應(yīng)的輸入文件。

另外這個(gè)問(wèn)題還是沒(méi)明白怎么弄：
“這里面一次計(jì)算是把兩個(gè)分子提取出來(lái)分別計(jì)算一次能量？然后怎么得到兩體的HOMO組合系數(shù)？“
對(duì)，分別計(jì)算。用po ...

1.6版沒(méi)有正式發(fā)布，那是去年年底打算發(fā)布的版本。ppt并不是程序手冊(cè)，手冊(cè)是100多頁(yè)的pdf文件。
目前最新版本是2.1.2，壓縮包里的手冊(cè)和程序是一致的。
注意，計(jì)算NH3BF3軌道成分和你當(dāng)前的問(wèn)題一點(diǎn)關(guān)系也沒(méi)有，不要混淆。

在著急計(jì)算之前，應(yīng)該從原理上把這個(gè)問(wèn)題好好想明白，否則只會(huì)越來(lái)越糊涂，算完了也搞不清對(duì)錯(cuò)。原理想清楚了，怎么算就會(huì)很容易理解。

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24樓2011-10-18 15:31:54

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引用回帖:

24樓: Originally posted by sobereva at 2011-10-18 15:31:54:
1.6版沒(méi)有正式發(fā)布，那是去年年底打算發(fā)布的版本。ppt并不是程序手冊(cè)，手冊(cè)是100多頁(yè)的pdf文件。
目前最新版本是2.1.2，壓縮包里的手冊(cè)和程序是一致的。
注意，計(jì)算NH3BF3軌道成分和你當(dāng)前的問(wèn)題一點(diǎn)關(guān)系也沒(méi)有 ...

有點(diǎn)明白了那個(gè)是兩個(gè)單體對(duì)一個(gè)軌道的貢獻(xiàn)……

對(duì)于這個(gè)還是不明白
“這里面一次計(jì)算是把兩個(gè)分子提取出來(lái)分別計(jì)算一次能量？然后怎么得到兩體的HOMO組合系數(shù)？“
對(duì)，分別計(jì)算。用pop=full就會(huì)輸出組合系數(shù)。

加入pop=full分別計(jì)算兩個(gè)分子的能量嗎？那出現(xiàn)的是每個(gè)分子的組合系數(shù)呀，還是不知道怎么產(chǎn)生兩個(gè)分子HOMO的組合系數(shù)……

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25樓2011-10-18 15:40:00

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zhou2009(金幣+2): 2011-10-18 16:23:57

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25樓: Originally posted by 賀儀 at 2011-10-18 15:40:00:
有點(diǎn)明白了那個(gè)是兩個(gè)單體對(duì)一個(gè)軌道的貢獻(xiàn)……

對(duì)于這個(gè)還是不明白
“這里面一次計(jì)算是把兩個(gè)分子提取出來(lái)分別計(jì)算一次能量？然后怎么得到兩體的HOMO組合系數(shù)？“
對(duì)，分別計(jì)算。用pop=full就會(huì)輸出組合系 ...

如果我沒(méi)理解錯(cuò)，你想計(jì)算的是A的HOMO和B的HOMO之間的重疊積分。所以當(dāng)然要分別算A和B的單點(diǎn)，來(lái)分別得到A的HOMO的組合系數(shù)和B的HOMO的組合系數(shù)。
如果你算超分子，只能得到一個(gè)HOMO，即超分子的HOMO，這和你目前的問(wèn)題沒(méi)關(guān)系。

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26樓2011-10-18 15:46:23

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26樓: Originally posted by sobereva at 2011-10-18 15:46:23:
如果我沒(méi)理解錯(cuò)，你想計(jì)算的是A的HOMO和B的HOMO之間的重疊積分。所以當(dāng)然要分別算A和B的單點(diǎn)，來(lái)分別得到A的HOMO的組合系數(shù)和B的HOMO的組合系數(shù)。
如果你算超分子，只能得到一個(gè)HOMO，即超分子的HOMO，這和你目 ...

“如果我沒(méi)理解錯(cuò)，你想計(jì)算的是A的HOMO和B的HOMO之間的重疊積分。”
是這樣的。

“所以當(dāng)然要分別算A和B的單點(diǎn)，來(lái)分別得到A的HOMO的組合系數(shù)和B的HOMO的組合系數(shù)”
得到的是分別的組合系數(shù)那怎么求交疊積分呢？

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27樓2011-10-18 15:57:58

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引用回帖:

27樓: Originally posted by 賀儀 at 2011-10-18 15:57:58:
“如果我沒(méi)理解錯(cuò)，你想計(jì)算的是A的HOMO和B的HOMO之間的重疊積分�！�
是這樣的。

“所以當(dāng)然要分別算A和B的單點(diǎn)，來(lái)分別得到A的HOMO的組合系數(shù)和B的HOMO的組合系數(shù)”
得到的是分別的組合系數(shù)那怎么求交疊積 ...

兩單體的HOMO的重疊積分：

=<∑c_ai*χ_ai|∑[j]c_bj*χ_bj>
=∑∑[j]c_ai*c_bj*S_ai,bj
S_ai,bj是單體a的i基函數(shù)與單體b的j基函數(shù)的重疊積分。S、c怎么獲得在前面的回復(fù)中已經(jīng)說(shuō)了。

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28樓2011-10-18 18:39:35

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剛才的回復(fù)中公式被轉(zhuǎn)義成斜體了，重發(fā)一下：

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29樓2011-10-18 18:42:32

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引用回帖:

28樓: Originally posted by sobereva at 2011-10-18 18:39:35:
兩單體的HOMO的重疊積分：
<HOMO_a|HOMO_b>
=<∑c_ai*χ_ai|∑[j]c_bj*χ_bj>
=∑∑[j]c_ai*c_bj*S_ai,bj
S_ai,bj是單體a的i基函數(shù)與單體b的j基函數(shù)的重疊積分。S、c怎么獲得在前面的回復(fù) ...

c是在單體計(jì)算得到log文件中的MOlecular Orbital Coefficients
   Molecular Orbital Coefficients:
                        1       2       3       4       5
                        O       O       O       O       O
   Eigenvalues -- -14.14119 -14.13311 -10.06386 -10.05618 -10.05339
1 1 C  1S       0.00049 0.00000  -0.01306 0.00000  -0.00317
2       2S       -0.01389 0.00000  -0.00891 0.00000  -0.00026
中的 0.00049代表的是軌道1與基函數(shù)1號(hào)原子1S軌道的的C是吧？
而
“S_ai,bj是單體a的i基函數(shù)與單體b的j基函數(shù)的重疊積分”
是在超分子計(jì)算得到的Density Matrix
Density Matrix:
                        1       2       3       4       5
1 1 C  1S       2.07860
2       2S       -0.21732 0.81347
3       2PX       0.00312  -0.04906 0.70492
4       2PY       -0.00439 0.07091 0.06855 0.65157
其中的的編號(hào)1 代表是1號(hào)C原子1s軌道是吧？也就是說(shuō)第一個(gè)元素2.07860是S(a1,a1)是吧？
麻煩了！謝謝您的幫助！

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30樓2011-10-18 20:53:23

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