 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1337 | 回復(fù): 6 | ||
| 本帖產(chǎn)生 2 個(gè) 模擬EPI ，點(diǎn)擊這里進(jìn)行查看 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿(mǎn)足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
yuelingxiao新蟲(chóng) (小有名氣)
|
[求助]
DPD方法初始條件的實(shí)現(xiàn)
|
|
|
小弟DPD初學(xué)者，請(qǐng)教其初始條件是如何實(shí)現(xiàn)的。 在分子動(dòng)力學(xué)中，常用的初始條件可以選為：(1)令初始位置在差分劃分網(wǎng)格的格子上，初始速度則從玻爾茲曼分布隨機(jī)抽樣得到。（2）令初始位置隨機(jī)地偏離差分劃分網(wǎng)格的格子，初始速度為零。（3）令初始位置隨機(jī)地偏離差分劃分網(wǎng)格的格子，初始速度也是從玻爾茲曼分布隨機(jī)抽樣得到。 關(guān)于第一條：是不是還要保證抽樣得到的速度滿(mǎn)足能量均分定理，也即總動(dòng)能應(yīng)該為(3/2)NkT.還是只要是從玻爾茲曼分布抽樣得出的速度分布，這個(gè)速度分布就會(huì)滿(mǎn)足能量均分定理 關(guān)于第二條：倘使這么給定的話，其初始速度為都為0，是不是意味著系統(tǒng)溫度也為0呢，這樣的話不是不符合常理了嗎？ 關(guān)于第三條，同理 DPD的初始條件與分子動(dòng)力學(xué)的初始條件是一樣的嗎？ |
回復(fù)此樓» 本帖@通知
» 猜你喜歡
085600 295分求調(diào)劑
已經(jīng)有14人回復(fù)
-
環(huán)境工程297分求調(diào)劑一志愿杭高院
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
理學(xué)07化學(xué) 303求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
290分調(diào)劑求助
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
362求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
求調(diào)劑推薦 材料 304
已經(jīng)有17人回復(fù)
-
304求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
張芳銘-中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)-環(huán)境工程專(zhuān)碩-298
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
070300化學(xué)354求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
08工科，295，接受跨專(zhuān)業(yè)調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 國(guó)外做多因素條件的實(shí)驗(yàn)中一般選擇什么方法？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 急求 一篇 專(zhuān)利文獻(xiàn) �。。。∫环N非平行文本條件下的語(yǔ)音轉(zhuǎn)換方法
已經(jīng)有2人回復(fù)
- 【500金幣本版活動(dòng)】“經(jīng)驗(yàn)力場(chǎng)分子模擬+第一性原理計(jì)算問(wèn)題討論互助及資源共享”
已經(jīng)有82人回復(fù)
- 【求助】求能夠氧化二級(jí)醇為酮的催化劑制備方法及反應(yīng)條件
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助】高真空條件下甲醇回收方法
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 【求助】由間硝基苯甲酸合成間氨基苯甲酸的方法和條件
已經(jīng)有13人回復(fù)
yahoohoo
鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 10
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 貴賓: 1.55
- 金幣: 7632.4
- 散金: 251
- 紅花: 4
- 帖子: 1176
- 在線: 167小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 74894
- 注冊(cè): 2005-06-15
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
7樓2011-10-23 15:17:33
yahoohoo
鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 10
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 貴賓: 1.55
- 金幣: 7632.4
- 散金: 251
- 紅花: 4
- 帖子: 1176
- 在線: 167小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 74894
- 注冊(cè): 2005-06-15
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★
yuelingxiao(金幣+5): 2011-10-22 19:25:59
ben_ladeng(金幣+1, 模擬EPI+1): 謝謝應(yīng)助 2011-10-23 00:19:17
yuelingxiao(金幣+5): 2011-10-22 19:25:59
ben_ladeng(金幣+1, 模擬EPI+1): 謝謝應(yīng)助 2011-10-23 00:19:17
|
原則上可以隨機(jī)放置DPD soft beads，但最好根據(jù)研究需要設(shè)定初始位置。比如lipid bilayer體系，我們可以預(yù)先將lipid排成bilayer構(gòu)象，然后將水分子隨機(jī)排布在bilayer的上下兩側(cè)。 初始速度滿(mǎn)足Boltzmann分布，平均值由體系的溫度決定。 |
2樓2011-10-22 13:19:52
yuelingxiao
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 82.6
- 散金: 7
- 紅花: 2
- 帖子: 77
- 在線: 40小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1241850
- 注冊(cè): 2011-03-22
- 專(zhuān)業(yè): 傳熱傳質(zhì)學(xué)
3樓2011-10-22 22:06:22
yahoohoo
鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 10
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 貴賓: 1.55
- 金幣: 7632.4
- 散金: 251
- 紅花: 4
- 帖子: 1176
- 在線: 167小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 74894
- 注冊(cè): 2005-06-15
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+4, 模擬EPI+1): 謝謝 2011-10-23 14:42:52
ghcacj(金幣+4, 模擬EPI+1): 謝謝 2011-10-23 14:42:52
|
根據(jù)equipartition theorem，平均速率 $\bar{v_i^2} = \frac{k_B T}{m}$。Maxwell-Boltzmann分布可以寫(xiě)成 $p(v_i) = \frac{1}{\sqrt{2\pi \sigma^2}}e^{\frac{(v_i-0)^2}{2\sigma^2}}$，其中$\simga^2 = \bar{v_i^2} = \frac{k_B T}{m}$。這表示$v_i$滿(mǎn)足Gaussian distribution（平均值為0，variance為\frac{k_B T}{m}）。我們需要產(chǎn)生滿(mǎn)足Guassian distribution的平均值為0、variance為1的偽隨機(jī)數(shù)，（一般我們還保證體系的總動(dòng)量為0，為此我們需求得體系質(zhì)心的動(dòng)量，然后在每個(gè)粒子上除去質(zhì)心的動(dòng)量），然后rescale總動(dòng)能，使其等于$3/2 N k_B T$。這樣速度的初始化就完成了。 |
4樓2011-10-22 22:42:44
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 08工科，295，接受跨專(zhuān)業(yè)調(diào)劑 +3 | lmnlzy 2026-03-31 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 284求調(diào)劑 +6 | 小熊～～ 2026-03-31 | 6/300 |
|
|
[考博] 材料專(zhuān)業(yè)申博 +5 | 杜雨婷dyt 2026-03-29 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué) +19 | 妮妮ninicgb 2026-03-27 | 19/950 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +3 | 哇呼哼呼哼 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 262求調(diào)劑 +7 | ZZ..000 2026-03-30 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +6 | xiao愛(ài)同學(xué) 2026-03-30 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩333求調(diào)劑 +18 | 北道巷 2026-03-24 | 18/900 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +6 | 邱gl 2026-03-30 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 11408總分309，一志愿東南大學(xué)求調(diào)劑，不挑專(zhuān)業(yè) +5 | 天賦帶到THU 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)學(xué)碩，一志愿湖南大學(xué)，初試成績(jī)338 +7 | YYYYYNNNNN 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +5 | 小卡不卡. 2026-03-29 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 生物技術(shù)與工程 +7 | 1294608413 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +3 | raojunqi0129 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 好好讀書(shū)。 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料277求調(diào)劑 +7 | min3 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085405 考的11408求各位老師帶走 +3 | Qiu學(xué)ing 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑，各位老師看看我！��！ +5 | 祁祺祺 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)調(diào)劑一志愿上海交通大學(xué)336分-本科上海211 +4 | 小魚(yú)愛(ài)有機(jī) 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 各位老師您好：本人初試372分 +5 | jj涌77 2026-03-25 | 6/300 |
|