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[求助]
有關(guān)MS模擬溶劑條件下的吸附問題
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最近出于課題的需要，接觸MS。主要是模擬水體系及有機(jī)溶劑體系（如丙酮中）下，有機(jī)分子（如芳香族）吸附在金屬，金屬氧化物表面。先向各位分子模擬的前輩們求教以下一些問題： 1， 構(gòu)建好有機(jī)分子（如甲苯）后，需要對其進(jìn)行優(yōu)化嗎?要優(yōu)化哪些指標(biāo)？ 如果進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，用哪個模塊？因?yàn)榭凑搲锏慕榻B，有用Discover， Forcite，還有用什么CASTEP。 在對有機(jī)分子進(jìn)行優(yōu)化時選用哪個？在優(yōu)化時需要設(shè)置哪些參數(shù)？怎么設(shè)置？ 如果涉及到力場，選擇COMPASS還是其他類型的力場？ 2，構(gòu)建好金屬或者金屬氧化物結(jié)構(gòu)模型后，怎么將其放入溶劑環(huán)境中？操作步驟是怎樣的？ 在建好金屬或金屬氧化物模型后，需進(jìn)行哪些方面的優(yōu)化？ 優(yōu)化步驟是什么樣的？ 參數(shù)怎樣設(shè)置？ 3，用Modules中的Morphology模塊求晶面能的時候，是不是需要先且好面？還是直接設(shè)置就可以？ 4，如果有哪個高手能直接編個模擬步驟（以 在乙醇體系中，間甲苯吸附在氧化鐵表面為例，具體吸附在哪個晶面需要計(jì)算確定），額外贈送200金幣！ 謝謝大家啦！ [ Last edited by caijj09 on 2011-10-24 at 21:03 ] |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-10-25 10:18:15
caijj09(金幣+20): 非常感謝！有機(jī)分子構(gòu)建好后用什么模塊優(yōu)化好？ 2011-10-25 11:23:59
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-10-25 10:18:15
caijj09(金幣+20): 非常感謝！有機(jī)分子構(gòu)建好后用什么模塊優(yōu)化好？ 2011-10-25 11:23:59
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第一個問題：用discover模塊計(jì)算能量最小化，建立模塊后用NPT系綜計(jì)算密度，后用discover再進(jìn)行動力學(xué)模擬。 第二個問題：建立金屬基底，金屬單質(zhì)直接找到剪切面固定就行了，氧化物要設(shè)定好力場（compass）后去鍵，這些設(shè)定完后一半都要固定金屬基底的分子或者原子。 第三個問題：第三個不是很熟悉，不過求晶面能是要先把面切出來后有了表層的原子面才能計(jì)算表層的原子所在晶面的晶面能。 |
3樓2011-10-25 08:48:58
2樓2011-10-25 08:25:41
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。 4樓2011-10-25 12:02:34
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6樓2011-10-25 14:50:24
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